公司被起诉后还完款，一般可按以下步骤处理后续事宜，以最大限度维护公司合法权益并降低法律风险：

1. 确认还款事实并留存证据
   首先需确保还款行为已实际完成，且留存充分证据（如银行转账记录、收据、双方签署的还款确认书等）。若通过法院执行程序还款，需取得法院出具的《结案通知书》或类似文件，证明债务已履行完毕。这些证据是后续应对潜在纠纷的关键。

2. 与原告沟通撤诉或结案

   • 若案件尚未判决：可主动联系原告（起诉方），协商其向法院申请撤诉。撤诉后，法院会出具《民事裁定书》终止案件，公司可避免后续诉讼程序。
     
   • 若案件已判决但未执行完毕：还款后需督促原告向法院申请终结执行程序，法院会出具《执行结案通知书》，确认债务清偿。
     
   • 若案件已进入执行阶段：还款后需立即向执行法院提交还款证据，申请解除对公司财产的查封、冻结等强制措施，并要求法院更新执行信息。

3. 关注信用记录修复

   • 企业征信记录：若案件涉及银行贷款、商业信用等，还款后需向中国人民银行征信中心申请更新企业信用报告，避免因未及时更新影响公司融资或商业合作。
     
   • 法院公开信息：部分地区法院会将生效判决信息公开在“中国裁判文书网”等平台。若案件已结案，可向法院申请不公开或屏蔽相关文书（需符合《最高人民法院关于人民法院在互联网公布裁判文书的规定》中的例外情形）。

4. 防范后续风险

   • 确认无其他债务：需核查原告是否还有其他关联债权（如利息、违约金、诉讼费等），避免因遗漏导致二次诉讼。
     
   • 警惕虚假诉讼：若还款后仍收到类似诉讼，需立即委托律师调查原告是否存在恶意起诉、伪造证据等行为，必要时可向公安机关报案或提起反诉。
     
   • 完善内部管理：针对此次诉讼暴露的问题（如合同审查、财务流程等），建议完善公司风控制度，避免同类纠纷再次发生。

5. 税务处理（如涉及）
   若还款涉及利息、违约金等税前扣除项目，需按《企业所得税法》及相关规定留存凭证，确保税务合规。

温馨提示：具体操作需结合案件阶段、债务性质（如民间借贷、合同纠纷等）及当地司法实践。若对流程不熟悉或案件复杂，建议委托律师协助处理，避免因操作不当引发新风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询。