结论：信用卡5000额度逾期后涨至46306元，这个数额是否合理，需根据具体的逾期费用计算方式来判断，一般情况下，若包含了高额的逾期利息、滞纳金等费用，是有可能达到这个数额的；至于是否可以只还本金，这通常取决于与银行的协商结果，银行一般不会主动同意只还本金。

详细分析：

1. 逾期费用计算：

   • 信用卡逾期后，银行会根据信用卡章程和领用合约的规定，收取逾期利息、滞纳金等费用。这些费用通常按照逾期金额和逾期时间来计算，具体计算方式可能因银行而异。
   • 逾期利息一般按日计算，利率可能较高，加上滞纳金等其他费用，逾期一段时间后，总费用可能会迅速累积。
   • 以简单公式表示逾期费用增长（仅为示意，实际计算可能更复杂）：
     • 逾期费用 = 逾期本金 × 日利率 × 逾期天数 + 滞纳金等其他费用
     • 假设日利率为0.05%（这是一个相对较高的假设值，实际可能更低或更高），逾期本金为5000元，逾期一年（365天），且不考虑滞纳金等其他费用，则逾期费用至少为：5000 × 0.05% × 365 = 912.5元（实际费用会更高，因为还会包含滞纳金等其他费用）。
     • 显然，在包含高额逾期利息和滞纳金的情况下，5000元的本金逾期后涨至46306元是有可能的，但具体还需看银行的收费标准和逾期时间。

2. 是否可以只还本金：

   • 一般情况下，银行不会主动同意信用卡逾期用户只还本金。因为银行在发放信用卡时，已经与用户签订了信用卡章程和领用合约，其中明确规定了逾期费用的计算方式和收取标准。
   • 如果用户希望只还本金，需要与银行进行协商，并可能需要提供合理的还款计划和证明材料，以证明自己确实存在还款困难。
   • 即使银行同意只还本金，也可能要求用户支付一定的手续费或利息作为补偿。

建议：

• 如果您认为逾期费用过高或存在不合理之处，建议先仔细查阅信用卡章程和领用合约，了解具体的收费标准和计算方式。
• 然后，您可以尝试与银行进行协商，表达自己的还款意愿和困难，并寻求合理的还款方案。
• 如果协商无果，您可以考虑向相关监管机构投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。

后续行动：

• 请您尽快与银行联系，了解具体的逾期费用情况和还款方案。
• 同时，也请您合理规划自己的财务状况，确保能够按时还款，避免进一步的逾期和费用累积。

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