结论：贷款100万中介收取12个点（即12万元）的中介费是否合法，需结合具体情形判断，目前无法直接给出“合法”或“不合法”的结论，但可从以下角度分析：

1. 法律对中介费的规定
   根据《中华人民共和国民法典》第九百六十三条，中介人促成合同成立的，委托人应按约定支付报酬。但法律未明确规定具体收费标准，而是强调“约定优先”。因此，若您与中介在合同中明确约定了12%的中介费（即12万元），且该约定不违反法律强制性规定（如欺诈、胁迫、显失公平等），则该费用原则上合法。

2. 需警惕的违法情形

   • “砍头息”或变相高利贷：若中介以“服务费”“咨询费”等名义收取费用，但实际与贷款利息挂钩，或导致综合融资成本超过法律保护的利率上限（目前为一年期LPR的4倍，约15.4%），则可能被认定为高利贷，超出部分不受法律保护。
     
   • 无资质经营：若中介未取得金融监管部门许可，擅自从事贷款中介业务，可能涉嫌非法经营，此时收费行为可能因主体不合法而被否定。
     
   • 欺诈或隐瞒：若中介虚构服务内容（如声称能“包批贷款”但未履行义务），或隐瞒重要信息（如贷款实际利率、额外费用等），您可主张撤销合同并要求退还费用。

3. 实务建议

   • 审查合同条款：确认中介费是否明确写入合同，是否与贷款金额、服务内容匹配，避免模糊表述（如“按行业惯例收取”）。
     
   • 核算综合成本：将中介费与贷款利息、其他费用合并计算，确保年化成本不超过15.4%，否则可拒绝支付超额部分。
     
   • 留存证据：保存合同、付款凭证、沟通记录等，若发生纠纷可作为维权依据。
     
   • 协商或投诉：若认为费用不合理，可先与中介协商降低；协商不成可向当地金融监管部门（如银保监会）或市场监管部门投诉。

总结：12%的中介费本身不违法，但需结合合同约定、服务内容、综合成本等综合判断。若您对具体条款或费用合理性有疑问，可直接向我提供合同细节，我会进一步分析风险点。