被告发现原告主体不适格时，可以采取以下措施来应对：

1. 在答辩期内提出异议：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，起诉必须符合一定条件，其中包括原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织。若原告主体不适格，即不满足这一条件。
   • 操作建议：被告应在收到起诉状副本后，在答辩期内向法院提出书面异议，明确指出原告主体不适格，并说明理由。法院将对此进行审查，若认为异议成立，可能会裁定驳回原告的起诉。

2. 配合法院审查，提供证据：

   • 审查过程：法院在受理案件后，会对原告的诉讼主体资格进行审查。被告应积极配合这一过程，提供相关证据来支持自己的异议。
   • 证据提供：例如，如果原告并非合同当事人，却基于合同提起诉讼，被告可以提供合同文本等证据，证明原告并非合同适格主体，从而支持自己的异议。

3. 关注法院裁定，及时采取后续行动：

   • 裁定结果：若法院裁定驳回原告的起诉，被告则无需再对该案进行应诉。若法院认为原告主体适格，继续审理案件，被告则需积极准备应诉材料，参与诉讼过程。
   • 后续行动：在法院作出裁定后，被告应根据裁定结果及时调整自己的诉讼策略。如果裁定驳回起诉，被告可以关注原告是否会上诉或重新起诉；如果裁定继续审理，被告则需认真准备应诉，以维护自己的合法权益。

4. 在诉讼过程中持续关注原告主体资格问题：

   • 持续审查：即使在诉讼过程中，被告也应持续关注原告的主体资格问题。如果发现原告在诉讼过程中出现主体变更、注销等情况，应及时向法院提出，以免影响案件的审理结果。
   • 法律后果：若因原告主体不适格而导致诉讼程序违法或判决结果错误，被告可以在后续的法律程序中提出异议或申请再审等，以维护自己的合法权益。

风险防范与实务建议：

• 起诉前尽职调查：虽然这是针对原告的建议，但被告在应诉前也可以对原告的主体资格进行一定的调查，以提前了解原告是否适格，从而制定更有效的应诉策略。
• 强化证据意识：在诉讼过程中，被告应提供充分证据来支持自己的异议和主张，例如提供合同文本、交易记录、工商登记信息等材料，以辅助法院判断原告主体是否适格。
• 及时咨询专业律师：如果被告对原告主体资格问题存在疑问或不确定如何应对，应及时咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议。

作为被告，在发现原告主体不适格时，应积极采取措施来应对，以维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。