结案申请书的提交时间需根据案件类型和程序进展确定，通常在收到款项前或后均可提交，但需满足特定条件。具体分析如下：

1. 民事诉讼案件
   若案件已进入执行阶段且被执行人已履行全部义务（如支付款项），法院在确认款项到账后通常会主动结案，此时无需单独提交结案申请书。但若需法院出具结案证明或确认执行终结，可在收到款项后向法院提交书面申请。
   例外情形：若双方达成和解且被执行人分期履行，可在最后一期款项支付前提交结案申请，但需附和解协议及履行情况说明。

2. 仲裁案件
   仲裁机构通常以裁决书送达或调解书签署为结案标志。若仲裁裁决涉及款项支付，申请人可在裁决生效后直接申请强制执行，无需单独提交结案申请；若被申请人主动履行，可要求仲裁机构出具结案函，此时申请时间与款项支付顺序无关。

3. 行政案件
   行政诉讼或行政复议中，若行政机关已履行义务（如撤销处罚、补发许可），法院或复议机关会依职权结案。当事人若需书面确认，可在收到行政机关履行通知后提交结案申请，无论款项是否已到账。

4. 刑事案件中的退赔程序
   在刑事附带民事诉讼或追缴违法所得案件中，若被告人已退赔全部款项，法院会在退赔完毕后出具结案文书。此时申请书提交时间与款项到账时间需严格对应：

   • 若款项已足额缴纳至法院账户，可立即提交结案申请；
     
   • 若分期退赔，需在最后一期退赔完成后申请结案。

实务建议：

• 提交前务必核对案件流程，确认是否已满足结案条件（如执行完毕证明、和解协议履行完毕等）；
  
• 若涉及款项支付，建议同步提交银行转账记录、收据等凭证；
  
• 不同地区法院或仲裁机构可能有特殊要求，提交前可与承办人员沟通确认。
  

如有具体案件类型或程序疑问，可进一步向我说明细节，我会结合实务经验为您分析。