非法捕捞案件中，检察院是否会起诉需根据具体情况判断，但总体而言，若行为构成犯罪且证据充分，检察院一般会依法提起公诉；不过，也存在法定不起诉、酌定不起诉和存疑不起诉等情形。以下是对这一问题的详细分析：
一、检察院一般会起诉的情形
当非法捕捞行为构成犯罪，且证据确实、充分时，检察院通常会依法提起公诉。非法捕捞水产品罪是指违反保护水产资源法规，在禁渔区、禁渔期或者使用禁用的工具、方法捕捞水产品，情节严重的行为。若行为人的非法捕捞行为达到了刑法规定的犯罪程度，如捕捞数量较大、对渔业资源造成了严重损害等，且证据充分，能够证明行为人的犯罪事实，那么检察院就会依法提起公诉，追究行为人的刑事责任。
二、检察院可能不起诉的情形
法定不起诉
- 情节显著轻微、危害不大：若非法捕捞行为价值或金额不足五千元，且未达到刑法规定的其他严重情节，可能被视为情节显著轻微、危害不大，不构成犯罪，此时检察院应依法作出不起诉决定。
- 犯罪已过追诉时效期限：非法捕捞水产品罪的法定最高刑为三年以下有期徒刑，若犯罪行为发生超过五年（法定最高刑不满五年有期徒刑的追诉时效），一般不再追诉，检察院应作出不起诉决定。
- 经特赦令免除刑罚：若非法捕捞犯罪分子符合国家发布的特赦条件，经特赦令免除刑罚，检察院应作出不起诉决定。
- 犯罪嫌疑人、被告人死亡：一旦犯罪嫌疑人或被告人死亡，刑事诉讼程序无法继续进行，检察院应当作出不起诉决定。
- 其他法律规定免予追究刑事责任的：如存在其他法律明确规定的免予追究刑事责任的情形，也适用法定不起诉。
酌定不起诉
- 犯罪情节轻微：综合考虑捕捞数量、方式、对渔业资源的损害程度及悔罪表现等因素，认为犯罪情节轻微的，可以酌定不起诉。例如，初次非法捕捞、捕捞数量较少且案发后积极配合调查、主动恢复渔业资源等。
- 具有从轻、减轻或免除处罚情节：如犯罪嫌疑人具有自首、立功、犯罪中止、犯罪未遂、从犯、胁从犯等法定情节，检察院可根据具体情况作出酌定不起诉决定。
存疑不起诉
- 证明犯罪构成要件的证据缺失：若关键证据无法获取或存在疑问，无法确定犯罪嫌疑人是否实施了非法捕捞行为或其行为是否达到犯罪程度，检察院可能作出存疑不起诉决定。
- 证据之间存在矛盾且无法合理排除：若案件中的不同证据之间存在矛盾，且经过多次补充侦查仍无法合理排除这些矛盾，使得案件事实无法认定，检察院也会作出存疑不起诉决定。
三、综合考量因素
在决定是否对非法捕捞案件提起公诉时，检察机关还会综合考虑犯罪嫌疑人的主观故意、是否存在自首、立功等情节，以及案件的社会影响等因素。若犯罪嫌疑人没有主观故意或存在从轻、减轻处罚的情节，且案件社会影响较小，检察机关可能倾向于作出不起诉决定。
温馨提示：非法捕捞行为不仅可能构成犯罪，还会对渔业资源造成严重损害，破坏生态平衡。因此，建议大家严格遵守相关法律法规，不要进行非法捕捞活动。如果您或您身边的人涉及非法捕捞案件，有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。