结论前置：公司股东持有公司公章本身并不直接构成违法，但这一行为可能引发一系列管理和法律风险，具体取决于股东持有公章的方式、目的以及是否违反了公司的内部管理规定或相关法律法规。

一、合法性分析

1. 公章的法律地位：

   • 公章是公司对外进行民事法律行为、经济往来、诉讼活动等的重要凭证，具有法律效力。
   • 正常情况下，公司应仅持有一枚经公安机关备案的公章，该公章具有最高的法律效力。

2. 股东持有公章的合法性：

   • 股东作为公司的出资人，并不直接拥有公司公章的所有权或使用权，除非公司章程或股东会决议明确授权。
   • 如果股东未经公司授权或违反公司章程、内部管理规定而私自持有公章，可能构成对公司财产权的侵犯，但并不直接等同于违法（除非涉及伪造、变造公章等违法行为）。

二、法律风险分析

1. 管理混乱风险：

   • 股东持有公章可能导致公司内部管理混乱，如公章使用记录不清、审批流程缺失等，进而影响公司的正常运营和决策效率。

2. 法律责任不清风险：

   • 在股东持有公章的情况下，如果发生法律纠纷或违法行为，可能难以确定责任归属，给公司带来不必要的法律风险和损失。

3. 欺诈风险：

   • 股东持有公章可能增加被不法分子盗用或滥用的风险，如用于签署虚假合同、伪造文件等违法行为，损害公司利益。

4. 违反法律法规风险：

   • 如果股东持有的是未经备案的公章，或者涉及伪造、变造公章等违法行为，将可能面临《中华人民共和国治安管理处罚法》等相关法律法规的处罚。

三、建议措施

1. 明确公章管理权限：

   • 公司应通过公司章程或股东会决议明确公章的管理权限和使用流程，确保公章的使用符合公司规定和法律法规要求。

2. 加强公章保管和使用管理：

   • 公司应建立严格的公章管理制度，指定专人负责公章的保管和使用，并登记每次使用的详细情况，包括使用时间、使用事项、使用人等。

3. 定期审计和检查：

   • 公司应定期对公章的使用情况进行审计和检查，及时发现和纠正存在的问题，确保公章的合法、有效和安全使用。

4. 及时处理违法行为：

   • 如果发现股东持有公章存在违法行为或违反公司规定的情况，公司应及时采取措施进行处理，包括但不限于收回公章、追究法律责任等。

总结与进一步思考：公司股东持有公司公章本身并不直接违法，但可能引发一系列管理和法律风险。因此，公司应建立严格的公章管理制度，明确公章的管理权限和使用流程，并加强审计和检查工作。如果股东持有公章存在违法行为或违反公司规定的情况，公司应及时采取措施进行处理。如果您在公司法务方面有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。