在项目实施过程中给的好处费，若属于不正当利益输送，则项目款中的该部分好处费很可能被认定为违法所得。以下从不同角度为你详细分析：

法律定义与性质判断

1. 违法所得的定义：违法所得通常指的是通过非法手段获取的利益。在项目实施过程中，如果好处费是通过行贿、受贿等非法手段获取的，那么这部分费用显然属于违法所得。
2. 好处费的性质：好处费往往与不正当利益输送相关联，如为了获取项目合同、加快项目进度、提高项目款项等而给予对方或其相关人员的财物。这种行为违反了公平竞争原则，破坏了市场秩序，也损害了公共利益。

法律后果与认定

1. 行政处罚：如果好处费被认定为违法所得，相关责任方可能会面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等。这些处罚旨在惩罚违法行为，维护市场秩序和公共利益。
2. 刑事责任：在严重的情况下，如果好处费涉及行贿、受贿等犯罪行为，相关责任方还可能面临刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，行贿罪和受贿罪都是严重的犯罪行为，会受到严厉的刑事处罚。
3. 违法所得的认定：在认定违法所得时，司法机关会综合考虑多种因素，如好处费的金额、支付方式、支付时间、与项目实施的关系等。如果好处费与项目实施直接相关，且是为了获取不正当利益而支付的，那么这部分费用很可能被认定为违法所得。

实际操作中的考量

1. 合同条款：在项目合同中，如果明确规定了禁止任何形式的贿赂或好处费，那么支付好处费的行为将直接违反合同条款，相关责任方需要承担违约责任。
2. 证据收集：在涉及好处费的纠纷中，证据的收集至关重要。相关方需要保留好与好处费支付相关的所有证据，如转账记录、聊天记录、邮件往来等，以便在需要时提供给司法机关进行认定。
3. 合规建议：为了避免涉及违法所得的风险，企业在项目实施过程中应严格遵守法律法规和商业道德，拒绝任何形式的不正当利益输送。同时，企业应建立完善的内部控制机制，加强对项目款项的审核和监督，确保项目款项的合法性和合规性。

总结与建议：在项目实施过程中，好处费若属于不正当利益输送，则很可能被认定为违法所得。为了避免法律风险，企业应严格遵守法律法规和商业道德，拒绝任何形式的不正当利益输送。如果你在项目实施过程中遇到了涉及好处费或违法所得的问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。