结论前置：保证期间的诉讼时效和主债务的诉讼时效确实应当分别计算，但二者在特定情况下存在紧密的关联和相互影响。具体来说，保证债务诉讼时效的起算和计算方式取决于保证方式（一般保证或连带责任保证）以及主债务诉讼时效的状态。
一、主债务诉讼时效的基本规则
定义与起算：
- 主债务诉讼时效是指债权人向主债务人主张债权请求权的法定期间。通常从主债务履行期限届满之日起计算，若主债务约定有分期履行的，则自最后一期履行期限届满之日起计算。
期间与法律规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。最长保护期限为二十年。
中止、中断与延长：
- 诉讼时效期间可能因法定事由（如不可抗力）而中止，或因权利人向义务人提出履行请求、提起诉讼或仲裁等原因而中断，并从中断时起重新计算。在特殊情况下，人民法院可根据权利人的申请决定延长诉讼时效。
二、保证债务诉讼时效的特殊规则
定义与起算：
- 保证债务诉讼时效是指债权人向保证人主张保证债权的法定期间。其起算点取决于保证方式：
- 一般保证：从保证人拒绝承担保证责任的权利消灭之日起（即法院对债务人财产强制执行后仍不能清偿债务时）开始计算。
- 连带责任保证：从债权人请求保证人承担保证责任之日起开始计算。
与主债务诉讼时效的关系：
- 一般保证：保证债务的诉讼时效随主债务诉讼时效的中止、中断而变化。若主债务诉讼时效中断，保证债务诉讼时效也从中断时起重新计算。
- 连带责任保证：保证债务的诉讼时效独立于主债务诉讼时效。主债务诉讼时效的中断不影响保证债务诉讼时效的计算，但主债务诉讼时效的中止同时导致保证债务诉讼时效的中止。
保证期间与诉讼时效的衔接：
- 保证期间是债权人行使权利的前置时间限制，若债权人在保证期间内未依法主张权利，则保证责任免除，不再存在保证债务诉讼时效的起算问题。
- 若债权人在保证期间内依法主张了权利，则开始计算保证债务的诉讼时效。此时，保证期间的届满转化为保证债务诉讼时效的起算问题。
三、实务操作建议
及时行使权利：
- 债权人应在主债务诉讼时效和保证期间内及时行使权利，避免因超过时效而丧失胜诉权或保证责任。
明确约定条款：
- 在合同中清晰约定保证方式（一般/连带）和保证期间，以避免因约定不明导致默认规则的适用。
保留证据材料：
- 保存催收记录、还款协议等文件，以证明时效的中断或重新起算。对保证人的主张需提供有效送达凭证。
关注特殊情形：
- 对于分期履行的债务，诉讼时效从最后一期履行期限届满起算。无约定保证期间的，需在主债务履行期届满后六个月内主张权利（针对连带责任保证）。
四、实例分析
假设甲为乙向丙的借款提供连带责任保证，借款合同约定还款期限为2023年1月1日，保证合同约定保证期间为6个月（即到2023年7月1日）。
- 情景一：若丙在2023年6月1日要求甲承担保证责任，则从该日起开始计算保证债务的诉讼时效。若丙在2026年6月1日前未提起诉讼或申请仲裁，则将丧失对甲的胜诉权。
- 情景二：若丙在2023年7月1日后才要求甲承担保证责任，则因保证期间已过，甲的保证责任免除，不再存在保证债务诉讼时效的起算问题。
综上所述，保证期间的诉讼时效和主债务的诉讼时效应当分别计算，但二者在特定情况下存在紧密的关联和相互影响。正确理解并应用这两个概念及其相互关系，对于保护债权人权益和限定保证人责任至关重要。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。