结论：员工离职拒不归还公司财物，公司从工资中扣除的做法是否合法，需分情况讨论。一般情况下，未经员工同意，公司不得单方面从工资中扣除财物损失，但在特定条件下，公司可依法追偿。

1. 公司直接扣工资的合法性分析

根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
关键点：

• 需有劳动合同约定或规章制度明确规定（如员工手册中载明“离职未归还财物需赔偿”）；
  
• 扣除比例和最低工资限制必须遵守；
  
• 公司需证明财物损失与员工行为存在直接因果关系（如员工签收的财物清单、离职时未归还的证据）。
  

若未满足上述条件，公司直接扣工资可能构成违法克扣工资，员工可依据《劳动合同法》第三十八条主张被迫解除劳动合同，并要求公司支付经济补偿金及补发工资。

2. 公司合法追偿的途径

若公司无法直接扣工资，可通过以下方式主张权利：

• 协商解决：与员工沟通，要求其主动归还财物或赔偿损失；
  
• 劳动仲裁：若员工拒绝，公司可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求员工返还财物或赔偿损失（需提供财物价值证明、员工未归还的证据等）；
  
• 民事诉讼：若财物价值较高或涉及复杂事实，公司可直接向法院提起民事诉讼，主张返还原物或赔偿损失。
  

示例：
员工离职时未归还公司笔记本电脑（价值8000元），公司可先与员工协商；若协商无果，可申请劳动仲裁，要求员工赔偿8000元。若员工当月工资为10000元，公司最多只能扣除2000元（20%），剩余6000元需通过其他途径追偿。

3. 实务建议

• 完善制度：在劳动合同或员工手册中明确“离职需归还财物，否则需赔偿”的条款，并要求员工签字确认；
  
• 留存证据：建立财物签收、归还的台账，离职时要求员工书面确认是否归还；
  
• 合法操作：若需扣工资，务必遵守比例和最低工资限制，并保留书面通知员工的证据（如邮件、签字文件）。
  

总结：公司直接扣工资需严格满足法定条件，否则可能面临法律风险。建议优先通过协商、仲裁或诉讼等合法途径追偿，并提前完善内部制度以规避风险。如有具体案情，可进一步向我咨询。