结论概述：建元信托董事会审议通过修订《内部审计制度》的议案，股东在特定条件下有权对修订内容提出异议。以下结合新闻背景及法律分析详细阐述。

一、股东提出异议的法律依据

1. 《公司法》赋予股东的知情权与参与权
   根据《公司法》第57条，股东有权查阅、复制公司章程、股东会会议记录、董事会会议决议等文件，并对公司的经营提出建议或质询。内部审计制度属于公司治理的核心文件，其修订直接影响公司运营透明度与风险控制，股东作为公司所有者，有权通过合法途径了解修订内容并表达意见。

2. 《上市公司治理准则》对股东权利的强化
   若建元信托为上市公司，根据《上市公司治理准则》第17条，上市公司应保障股东的知情权与参与权，包括对重大事项的表决权。内部审计制度修订属于公司治理范畴的重大事项，股东可通过股东大会提案、质询等方式参与决策。

二、股东提出异议的具体路径

1. 通过股东大会行使表决权
   若内部审计制度修订需提交股东大会审议（如涉及公司章程修改或重大治理结构调整），股东可依据《公司法》第103条，在股东大会上对议案投反对票，并通过书面意见形式详细说明异议理由。

2. 向董事会或监事会提出书面质询
   根据《公司法》第53条，监事会需对董事会决议进行监督。股东可联合向监事会提交书面质询函，要求其对内部审计制度修订的合法性、合理性进行审查，并公开答复。

3. 申请法院撤销违法决议
   若修订内容违反法律、行政法规或公司章程（如未履行法定程序、损害股东利益），股东可依据《公司法》第22条，自决议作出之日起60日内向法院提起诉讼，请求撤销该决议。

三、新闻背景下的法律风险点

1. 修订程序的合法性
   根据建元信托公告，修订议案已由董事会审议通过。需关注：

   • 董事会召集程序是否符合《公司法》第110条（如提前通知、表决权比例）；
     
   • 修订内容是否涉及需股东大会批准的事项（如修改公司章程）。
     若程序存在瑕疵，股东可主张决议无效。

2. 修订内容的实质影响
   若内部审计制度修订涉及：

   • 削弱对管理层监督（如减少审计频率、缩小审计范围）；
     
   • 限制股东查阅审计报告的权利；
     
   • 增加股东责任或减少公司透明度，
     则可能构成对股东权益的侵害，股东有权提出异议并要求修正。

四、对股东的实务建议

1. 及时获取修订文本
   股东应通过公司公告、股东大会通知等渠道获取内部审计制度修订的完整文本，分析具体条款变化及潜在影响。

2. 联合其他股东形成合力
   若单个股东持股比例较低，可联合其他股东共同提出异议，增强影响力。例如，通过股东代表联名提交质询函或提案。

3. 保留证据以备诉讼
   若发现修订程序或内容违法，股东需保留董事会决议、公告、沟通记录等证据，以便在必要时通过法律途径维权。

五、延伸思考：公司治理与股东权利的平衡

内部审计制度修订事件反映了公司治理中“管理层权力”与“股东监督权”的博弈。从法律视角看，公司需在效率与合规间寻求平衡：

• 对管理层而言，修订制度需确保符合《企业内部控制基本规范》等法规，避免因程序瑕疵引发诉讼风险；
  
• 对股东而言，应积极行使法定权利，推动公司治理透明化，防止内部人控制损害中小股东利益。

总结：建元信托股东有权通过股东大会表决、质询董事会或提起诉讼等方式对内部审计制度修订提出异议，但需结合修订内容、程序合法性及自身持股比例选择合适路径。建议股东密切关注公司公告，必要时咨询专业律师以制定维权策略。