确认行政许可证的行政相对人提起行政诉讼，不受一般行政行为5年起诉期限的限制。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国行政诉讼法》第四十六条：
- 公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。法律另有规定的除外。
- 因不动产提起诉讼的案件自行政行为作出之日起超过二十年，其他案件自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院不予受理。
针对行政许可的特别规定：
- 根据《行政诉讼法》第十二条，人民法院受理公民、法人或者其他组织对行政机关作出的有关行政许可的其他决定不服提起的诉讼。这表明，行政许可行为属于行政诉讼的受案范围。
- 然而，对于行政许可的起诉期限，并未在《行政诉讼法》中特别规定为5年。相反，一般行政行为的5年起诉期限限制主要适用于那些未明确规定起诉期限且不属于因不动产提起诉讼的案件。
二、行政许可起诉期限的特殊性
一般原则：
- 对于行政许可行为，如果法律、法规或规章没有特别规定起诉期限，那么通常应适用《行政诉讼法》第四十六条第一款的规定，即自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。
例外情况：
- 如果行政许可行为涉及不动产，那么可能适用更长的起诉期限（二十年），但这与5年期限无关。
- 对于其他类型的行政许可行为，如果没有特别规定，则不受5年起诉期限的限制。
三、实践中的考虑
起诉期限的起算点：
- 起诉期限通常从行政相对人知道或者应当知道行政行为内容之日起计算。如果行政相对人不知道行政行为内容，那么起诉期限可能从其实际知道或应当知道之日起计算。
超过起诉期限的后果：
- 如果行政相对人超过起诉期限提起诉讼，人民法院将不予受理。因此，行政相对人应及时行使诉权，避免超过起诉期限。
四、建议
及时咨询：
- 如果行政相对人对行政许可行为不服，建议及时咨询专业律师，了解具体的起诉期限和诉讼策略。
保留证据：
- 行政相对人应保留好与行政许可行为相关的所有证据，以便在提起诉讼时能够充分证明自己的主张。
注意时效：
- 行政相对人应密切关注起诉期限的起算点和截止时间，确保在法定期限内提起诉讼。