核心结论：带电动车车牌的有证摩托车被抓，通常涉及车牌使用违规问题，具体处理方式需根据当地交通法规及实际情况判断，但一般可能面临罚款、扣分、暂扣车辆或行政拘留等处罚。以下分情况详细说明：

1. 车牌使用违规性质
   若摩托车本身已合法登记并取得摩托车专用车牌，但驾驶人故意或过失使用电动车车牌（如套牌、遮挡原车牌等），属于“使用其他车辆号牌”或“故意遮挡、污损号牌”的违法行为。根据《道路交通安全法》第96条，此类行为可处2000元以下罚款，并扣12分；若情节严重（如多次违规、造成事故），还可能面临15日以下行政拘留。

2. 车辆性质认定问题
   若摩托车实际符合机动车标准（如排量、时速超过电动车标准），但未按规定登记为摩托车并取得专用车牌，而是使用电动车车牌上路，则属于“驾驶未登记的机动车上路”或“驾驶与准驾车型不符的车辆”。根据《道路交通安全法》第90条、第99条，可能面临200-2000元罚款、扣9分，并暂扣车辆；若未取得摩托车驾驶证（如仅持有C1证），还可能因“准驾不符”被扣9分并处罚款。

3. 地方性法规差异
   部分城市对电动车和摩托车管理有特殊规定（如“禁摩令”或电动车分类管理）。例如，若当地禁止摩托车通行，即使车辆合法，也可能因“违反禁令标志”被处100-200元罚款并扣1分；若电动车车牌为地方性临时牌照（如超标电动车过渡期牌照），而车辆实际为摩托车，可能因“牌照失效”被处罚。

建议处理步骤：

1. 核实处罚依据：要求交警出具《行政处罚决定书》，明确违规条款及处罚种类；
   
2. 核对车辆信息：确认摩托车是否已合法登记、车牌是否有效，避免因信息错误导致误罚；
   
3. 行政复议或诉讼：若认为处罚不当（如车牌被套用、车辆性质认定错误），可在收到处罚决定书后60日内申请行政复议，或6个月内直接向法院起诉；
   
4. 及时处理违章：若处罚无误，需在15日内缴纳罚款，否则可能产生滞纳金或影响驾驶证审验。

温馨提示：各地交通法规可能存在差异，具体处理需以当地交警部门认定为准。若有疑问，可直接向我咨询，我会结合您所在地区的法规为您详细分析。