合同专用章的保管部门并没有一个统一的法定要求，它主要取决于公司内部的规章制度和管理需要。不过，我可以从几个常见的管理实践角度，为你详细分析这个问题：
法务部门保管：
- 在许多公司中，法务部门负责处理公司的法律事务，包括合同的审查、签订和执行等。因此，将合同专用章交由法务部门保管，可以确保合同在签订过程中的合法性和合规性，减少法律风险。
- 法务部门通常具备专业的法律知识和经验，能够更好地理解合同条款的含义和法律效力，从而在使用合同专用章时更加谨慎和准确。
行政部门保管：
- 行政部门在公司中通常负责日常行政事务的管理，包括文件、印章等的管理。如果公司规模较小，或者法务部门的工作量不大，将合同专用章交由行政部门保管也是一个可行的选择。
- 行政部门可以制定严格的印章使用制度，确保合同专用章的使用符合公司的规定和流程，防止滥用或误用。
业务部门保管（需谨慎）：
- 在某些情况下，业务部门可能需要频繁使用合同专用章来签订合同。如果业务部门具备完善的管理制度和监督机制，也可以考虑将合同专用章交由业务部门保管。
- 但需要注意的是，业务部门可能更注重合同的签订和执行效率，而相对忽视合同的合法性和合规性。因此，如果选择将合同专用章交由业务部门保管，必须建立严格的监督机制，确保合同在签订过程中的合法性和合规性。
法律建议：
- 无论选择哪个部门保管合同专用章，公司都应制定明确的印章使用制度和管理流程，确保合同专用章的使用符合公司的规定和流程。
- 印章使用制度应包括印章的保管、使用、审批、登记等环节，确保每一步都有明确的责任人和操作规范。
- 公司还应定期对印章的使用情况进行检查和审计，及时发现和纠正问题，防止法律风险的发生。
可能的法律后果：
- 如果合同专用章保管不善或使用不当，可能导致合同无效或产生法律纠纷，给公司带来经济损失和声誉损害。
- 因此，公司必须高度重视合同专用章的管理和使用，确保合同的合法性和合规性。
如果你对合同专用章的保管或使用有任何疑问，或者需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律服务。