双方共同申请专利引起的纠纷，核心处理方式包括协商解决、行政处理、司法诉讼三种途径，具体选择需结合纠纷类型和双方合作基础综合判断。以下从不同纠纷类型和解决路径展开详细说明：
一、协商解决：优先尝试的柔性路径
若纠纷涉及权利归属比例争议（如发明人贡献认定分歧）、利益分配矛盾（如专利实施收益分配比例未达成一致），或合作协议条款解释分歧（如“共同所有”的具体范围界定模糊），双方可签订补充协议明确权利义务。
例如：若原合作协议未约定专利实施后的收益分配方式，双方可通过协商签订《专利收益分配补充协议》，明确按发明人贡献比例（如甲60%、乙40%）分配收益，并约定分配周期（如每季度结算一次）。
关键点：协商需保留书面记录（如邮件、微信沟通记录），避免口头约定导致后续举证困难；若涉及技术秘密或商业机密，可约定保密条款。
二、行政处理：依托专利管理部门的权威调解
若纠纷涉及专利申请权归属争议（如一方主张自己是实际发明人，另一方伪造证据抢先申请）、专利权无效宣告请求（如一方认为对方隐瞒关键技术信息导致专利被授权后被无效），或专利实施许可合同履行纠纷（如被许可方未按约定支付许可费），可向国家知识产权局或地方专利管理部门申请行政调解。
例如：若双方对“共同申请专利”的发明人顺序存在争议，可向国家知识产权局提交《专利权归属纠纷处理请求书》，附上实验记录、研发日志等证据，由专利管理部门组织听证并出具调解意见。
关键点：行政调解不具有强制执行力，若一方不履行调解结果，另一方仍需通过司法途径解决；行政处理周期通常为3-6个月，需提前准备完整证据链。
三、司法诉讼：最终解决纠纷的强制手段
若纠纷涉及专利权共有关系确认（如一方主张“共同所有”实为“按份共有”）、专利侵权赔偿分配（如第三方侵权后，双方对赔偿款分配比例有争议），或合作协议违约责任（如一方未按约定投入研发资金导致专利未获授权），可向法院提起民事诉讼。
例如：若双方共同申请的专利被第三方侵权，获得赔偿款后，一方主张按“实际贡献”分配（如甲提供核心技术、乙仅提供辅助支持），另一方主张按“平均分配”，法院将根据《专利法》第15条（“共有专利权的行使应协商一致；协商不成的，任何一方可单独实施或以普通许可方式许可他人实施，所得收益在扣除合理成本后分配”）及合作协议约定，结合双方实际贡献、投入成本等因素综合判决。
关键点：司法诉讼需提交完整证据（如合作协议、研发记录、财务凭证等），诉讼周期通常为6-12个月；若涉及技术事实认定，可能需申请司法鉴定（如发明人贡献比例鉴定）。
补充建议：预防纠纷的合同设计要点
为避免后续纠纷，共同申请专利时应在合作协议中明确以下条款：
若您正面临共同申请专利的纠纷，或需起草/审查合作协议，可直接向我咨询具体问题，我会结合您的实际情况提供针对性建议。