辞退员工补偿的计算基数，通常是按照员工离职前十二个月的平均工资来确定，这里的平均工资既包括合同工资，也包括实发工资中的各项补贴、奖金等，即以实发工资总额为计算基础。以下是对这一问题的详细分析：

一、法律依据

根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条的规定：“经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。”

二、计算基数的确定

1. 合同工资与实发工资的区别：

   • 合同工资：通常指劳动合同中约定的工资数额，是劳动者与用人单位在签订劳动合同时约定的基本工资。
   • 实发工资：指劳动者实际收到的工资，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等所有收入。

2. 计算基数的确定原则：

   • 根据法律规定，经济补偿的计算基数是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，这里的平均工资应理解为实发工资的平均值，即包括所有货币性收入。
   • 如果劳动合同中约定的工资与实际发放的工资存在差异，且实际发放的工资高于合同工资，那么应以实际发放的工资作为计算基数。

三、特殊情况的处理

1. 高收入员工：

   • 如果劳动者的月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，那么经济补偿的计算基数将按照职工月平均工资的三倍来计算，且支付经济补偿的年限最高不超过十二年。

2. 工资支付记录不完整：

   • 如果用人单位无法提供劳动者离职前十二个月的完整工资支付记录，那么可能面临举证不能的风险，法院或仲裁机构可能会根据劳动者的主张或相关证据来认定经济补偿的计算基数。

四、实际操作建议

1. 保留工资支付记录：

   • 用人单位应妥善保留劳动者的工资支付记录，包括工资条、银行转账记录等，以便在需要时提供证明。

2. 明确合同条款：

   • 在签订劳动合同时，用人单位应明确约定工资构成和支付方式，避免产生歧义或纠纷。

3. 及时咨询专业律师：

   • 如果用人单位或劳动者对经济补偿的计算基数存在疑问或争议，应及时咨询专业律师，以便得到准确的法律意见和解决方案。

总结来说，辞退员工补偿的计算基数应以劳动者离职前十二个月的平均工资为准，这里的平均工资应理解为实发工资的平均值。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。