核心结论：天然气地埋管道建检查井警示标志对土地持证人造成损失的，赔偿需根据具体损失情况、双方协商以及相关法律规定来确定，一般可能涉及土地使用受限补偿、地上附着物及青苗补偿、其他直接损失补偿等方面。以下为详细分析：
赔偿依据
- 法律法规层面
- 根据《民法典》中关于相邻关系以及侵权责任的相关规定，不动产权利人因铺设管线等必须利用相邻土地、建筑物的，该土地、建筑物的权利人有权获得相应补偿。天然气公司建设地埋管道及检查井警示标志，属于利用土地持证人土地的行为，若给土地持证人造成损失，应当给予赔偿。
- 地方可能也有关于管道建设占地补偿的相关规定，例如某些地区会出台具体的补偿标准文件，明确在不同情况下对土地使用者的补偿方式和金额等。
- 合同约定层面
- 如果天然气公司与土地持证人之前签订了土地使用协议，协议中对于建设检查井警示标志等事项有明确的补偿约定，那么应按照协议的约定进行赔偿。例如协议中可能规定了按照一定面积给予一次性补偿，或者按照一定期限给予年度补偿等。
赔偿范围及方式
- 土地使用受限补偿
- 情况分析：建设检查井警示标志可能会占用土地持证人一定面积的土地，导致其可利用的土地面积减少，影响土地的正常使用和收益。例如，原本可以用于种植农作物的土地，因建设检查井无法正常耕种。
- 赔偿方式：可以按照被占用土地的面积，参考当地类似土地的租金标准或者土地的市场价值，给予土地持证人相应的经济补偿。补偿期限可以根据管道的使用期限或者双方协商确定。
- 地上附着物及青苗补偿
- 情况分析：如果在建设检查井警示标志的过程中，损坏了土地持证人地上的附着物，如房屋、树木、农作物等，或者导致正在生长的青苗受损，天然气公司应当给予相应的补偿。
- 赔偿方式：对于地上附着物的补偿，可以根据其实际价值进行评估后给予赔偿。例如，房屋可以按照重置成本或者市场价值进行补偿；树木可以根据其种类、树龄、生长状况等因素确定补偿金额。对于青苗补偿，一般按照当地的青苗补偿标准，根据农作物的种类、种植面积、生长阶段等进行计算。
- 其他直接损失补偿
- 情况分析：除了上述损失外，如果建设检查井警示标志还给土地持证人造成了其他直接损失，如因施工导致土地塌陷、排水不畅等，影响了土地的正常使用，或者给土地持证人的生产经营活动带来了额外的费用支出等，天然气公司也应当予以赔偿。
- 赔偿方式：对于其他直接损失，需要土地持证人提供相关的证据，如维修费用发票、因停产停业造成的损失证明等，天然气公司根据实际损失情况进行赔偿。
赔偿协商与争议解决
- 协商解决：天然气公司与土地持证人可以首先通过协商的方式确定赔偿金额和方式。在协商过程中，双方应充分沟通，明确各自的诉求和依据，争取达成一致意见。协商的好处是可以节省时间和成本，避免不必要的法律纠纷。
- 调解或仲裁：如果双方协商不成，可以申请第三方调解机构进行调解，或者根据双方事先达成的仲裁协议，向仲裁机构申请仲裁。调解和仲裁都具有相对灵活、高效的特点，能够较快地解决纠纷。
- 诉讼解决：如果调解或仲裁无法解决纠纷，土地持证人可以向人民法院提起诉讼，通过司法程序维护自己的合法权益。在诉讼过程中，法院将根据双方提供的证据和相关法律规定，作出公正的判决。