合同缺失的情况下，一般仍可以开发票，但需结合具体业务场景和税务合规要求综合判断。以下分情况详细说明：

1. 合同并非开具发票的法定前提条件
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务或从事其他经营活动的单位和个人，在收取款项时应当向付款方开具发票。法律并未将“签订合同”列为开票的强制性条件，因此即使合同缺失，只要实际发生了应税交易（如货物销售、服务提供等），收款方仍有义务开具发票。

2. 合同缺失可能引发税务合规风险
   虽然合同缺失不影响开票义务，但税务机关在核查时可能要求企业提供证明交易真实性的材料（如合同、付款凭证、物流单据等）。若完全无合同且无法提供其他佐证材料，可能被认定为“未按规定开具发票”，面临罚款（根据《发票管理办法》第三十五条，可处1万元以下罚款）或税务调整风险。

3. 特殊场景需注意

   • 大额交易或长期合作：税务机关可能对无合同的大额交易重点审查，建议补充签订合同或留存交易沟通记录（如邮件、微信聊天记录）以证明业务真实性。
     
   • 关联交易：若交易双方存在关联关系，税务机关可能要求提供独立交易原则的证明材料，合同缺失可能加剧税务稽查风险。
     
   • 跨境交易：部分国家（地区）要求合同作为报关或外汇结算的必备文件，合同缺失可能导致无法完成跨境支付或清关。

4. 实务建议

   • 优先补签合同：若合同尚未签订但交易已发生，可与对方协商补签合同，明确交易内容、金额及开票信息，降低税务风险。
     
   • 留存替代证据：若无法补签合同，需保存付款凭证、送货单、验收单、沟通记录等材料，形成完整的证据链证明交易真实性。
     
   • 咨询税务机关：对复杂交易（如混合销售、视同销售等），可提前向主管税务机关咨询开票要求，避免因理解偏差导致违规。

总结：合同缺失不直接阻碍开票，但可能增加税务合规成本。建议企业根据交易性质完善合同管理，或在缺失合同时通过其他材料证明业务真实性，确保开票行为合法合规。如有具体交易场景需进一步分析，可随时向我咨询。