结论：公益基金会以投资信托的方式对外借款是否合法合规，需结合基金会章程、信托目的、资金用途及监管规定综合判断，存在合法与不合法的两种可能性。以下从不同角度展开分析：

1. 基金会章程与宗旨的合规性

根据《基金会管理条例》第二十八条，基金会应当按照合法、安全、有效的原则实现基金的保值增值，但不得违背捐赠协议的约定。若基金会章程或捐赠协议明确禁止对外借款，或限制资金用于非公益目的，则通过信托方式对外借款可能违反章程约定，属于违规行为。

合规要点：

• 需审查基金会章程是否允许“对外借款”或“通过信托投资”等具体行为；
  
• 若章程未明确禁止，但借款用途与公益宗旨无关（如用于商业盈利、关联方利益输送），则可能涉嫌违背非营利性原则。

2. 信托目的与资金用途的合法性

根据《信托法》第六条，信托目的必须合法且不违背公序良俗。若基金会通过信托借款的目的是实现公益目的（如为贫困地区提供低息贷款支持教育、医疗项目），且资金实际用于公益领域，则可能被认定为合法合规。
但需注意：

• 若信托借款的目的是为基金会或关联方谋取私利（如高息放贷、投资高风险项目），则可能涉嫌“以公益名义从事营利活动”，违反《慈善法》第四十二条关于“慈善组织不得直接投资二级市场股票”等限制性规定（虽未直接提及信托借款，但可类推适用）；
  
• 若借款对象为关联方（如基金会理事、发起人控制的企业），需符合《基金会管理条例》第二十七条关于“关联交易回避”的规定，否则可能构成利益冲突。

3. 监管与备案要求

根据《慈善组织保值增值投资活动管理暂行办法》第七条，慈善组织开展投资活动需建立风险控制机制，并报民政部门备案。若基金会通过信托借款属于“重大投资活动”（如金额超过上年末总资产的5%），需履行以下程序：

• 制定投资方案并经理事会表决通过；
  
• 向登记管理机关报告；
  
• 定期披露资金使用情况。
  未履行上述程序，即使借款本身合法，也可能因程序违规被监管部门责令整改。

4. 税务与法律风险

• 税务风险：若借款利息收入未纳入基金会非营利收入范围，可能被税务机关认定为“应税收入”，需缴纳企业所得税；
  
• 法律风险：若信托合同条款设计不当（如未明确还款来源、担保措施），可能导致基金会资产损失，甚至引发诉讼；
  
• 声誉风险：若借款对象违约或资金用途被质疑，可能损害基金会公信力，违反《慈善法》第九十二条关于“诚信自律”的要求。

操作建议

1. 审查章程与捐赠协议：确认是否允许对外借款及信托投资；
   
2. 明确信托目的：确保借款用于公益目的，避免利益冲突；
   
3. 履行备案程序：重大投资需向民政部门报告并建立风控机制；
   
4. 设计合规合同：在信托合同中明确资金用途、还款来源、担保措施及违约责任；
   
5. 定期披露信息：向社会公开借款对象、金额及用途，接受监督。

若您需要进一步分析具体案例或合同条款，可直接向我咨询，我会结合实际情况提供更详细的合规方案。