结论：支票存根丢失但支票已作废，整体法律风险较低，但需分情况处理以避免潜在纠纷。以下是具体分析：

1. 支票作废的效力是核心

若支票已通过合法程序作废（如填写“作废”字样、剪角、登记作废记录等），其支付功能已失效，即使存根丢失，他人也无法凭支票兑现或转移资金。此时存根丢失的直接风险较小。

2. 存根丢失的潜在风险需警惕

尽管支票作废，存根作为交易凭证仍可能涉及以下问题：

• 内部财务核对困难：存根是记录支票用途、金额、收款人等信息的原始凭证，丢失可能导致企业或个人账目不清，影响税务申报或审计。
• 纠纷举证风险：若后续因支票作废引发争议（如对方主张未收到作废通知、质疑作废真实性），存根是证明交易细节的关键证据。丢失后可能需通过其他方式补证（如银行流水、合同、沟通记录等），增加举证难度。
• 信息泄露风险：存根可能包含银行账号、签名等敏感信息，若被不法分子获取，可能用于伪造票据或诈骗（但作废支票本身无支付效力，风险相对较低）。

3. 应对建议

• 立即补办作废手续：若支票尚未完全作废（如仅口头通知银行），需尽快联系银行办理正式作废登记，并保留书面回执。
• 留存替代证据：通过银行对账单、交易合同、沟通记录（如邮件、短信）等证明支票作废事实及交易细节。
• 内部登记与公告：在企业财务系统中记录支票作废情况，必要时在内部公告栏或系统公示，避免内部人员误用。
• 防范信息泄露：若存根已丢失，可联系银行冻结相关账户或更换账号，并监控账户异常交易。

4. 特殊情况处理

• 若支票未实际作废：需立即联系银行停止支付，并报警处理（如支票被盗用）。存根丢失可能加剧举证责任，需尽快收集其他证据证明非本人操作。
• 涉及大额交易或纠纷：建议委托律师出具法律意见书，固定证据链，降低法律风险。

总结：支票存根丢失但支票已作废，整体风险可控，但需通过补办手续、留存证据等方式防范潜在纠纷。如有进一步疑问或需具体操作指导，可直接向我咨询。