旅行社使用自有车辆非法拉客的，车辆可能被扣押或罚款，旅行社本身也会面临行政处罚。具体分析如下：

1. 车辆可能面临的处罚
   根据《中华人民共和国道路运输条例》第六十三条，未取得道路运输经营许可擅自从事道路运输经营的，由县级以上道路运输管理机构责令停止经营；有违法所得的，没收违法所得，处违法所得2倍以上10倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
   若车辆被用于非法营运（如未取得旅游客运资质却拉客），车辆可能被扣押，直至旅行社补办手续或缴纳罚款后返还。

2. 旅行社可能面临的处罚
   旅行社若未取得《道路运输经营许可证》或《包车客运标志牌》，擅自组织旅客运输，除车辆被处罚外，旅行社本身可能面临：

   • 行政处罚：由交通主管部门责令改正，处1000元以上3000元以下罚款；情节严重的，吊销旅行社业务经营许可证（《旅游法》第九十六条）。
     
   • 连带责任：若因车辆问题导致旅客伤亡，旅行社可能需承担民事赔偿责任，甚至因“未尽安全保障义务”被追究刑事责任（《刑法》第一百三十三条）。

3. 例外情形
   若旅行社车辆已取得合法旅游客运资质（如拥有《道路运输证》且经营范围包含“旅游客运”），则仅需接受常规交通检查，不会被罚款。但需注意：

   • 车辆需定期年检、购买交强险及商业险；
     
   • 驾驶员需持有相应从业资格证；
     
   • 不得超范围经营（如用省内包车牌跑跨省线路）。

建议：旅行社应确保车辆及驾驶员资质合法，避免因“黑车”运营面临双重处罚。若已收到处罚通知，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。