超员90%的处罚需根据具体交通方式及法律规定来确定，以下是详细分析：

1. 公路客运车辆超员90%
   根据《道路交通安全法》第九十二条及《道路交通安全违法行为记分管理办法》，公路客运车辆载客超过额定乘员90%的，属于严重超员行为。处罚包括：

   • 罚款：处500元以上2000元以下罚款；
     
   • 记分：对驾驶人一次记12分（直接扣满，需重新参加科目一考试）；
     
   • 其他后果：可能面临暂扣机动车驾驶证、强制转运超员乘客，若构成危险驾驶罪（如严重超员导致事故），还可能被追究刑事责任。

2. 校车超员90%
   校车安全标准更为严格，超员90%同样属于严重违法行为。处罚包括：

   • 罚款：处500元以上2000元以下罚款；
     
   • 记分：对驾驶人一次记12分；
     
   • 刑事责任：若超员行为达到“严重超过额定乘员载客”标准（通常为超员50%以上），可能构成危险驾驶罪，面临拘役并处罚金，同时吊销驾驶证。

3. 普通私家车（非营运车辆）超员90%
   例如，5座车实际载客9-10人（超员80%-100%），处罚包括：

   • 罚款：处200元以上500元以下罚款；
     
   • 记分：对驾驶人一次记6分（根据超员比例，可能叠加其他违法行为记分）；
     
   • 其他后果：需强制转运超员乘客，若因超员导致事故，保险可能拒赔或部分免赔。

关键提醒：

• 超员比例计算方式为：（实际载客数 - 额定乘员数）÷ 额定乘员数 × 100%。
  
• 处罚不仅针对驾驶人，若车主或管理者明知超员仍允许车辆上路，也可能承担连带责任。
  
• 刑事责任需结合具体情节（如是否发生事故、是否多次违法等）综合判定。
  

建议：若您或他人涉及超员违法行为，建议尽快处理违章记录，并严格遵守载客规定。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律风险。