当设施农用地遇到政府征用时，可按以下步骤处理：
确认征用合法性
- 政府征用需符合《土地管理法》第45-47条规定的公共利益情形（如能源、交通、水利等基础设施建设），且必须履行法定程序：包括发布征地预公告、开展土地现状调查、组织社会稳定风险评估、拟定征地补偿安置方案并公告、办理补偿登记、签订补偿安置协议等。
- 若未履行上述程序或征用目的不符合公共利益，可依法主张征用行为违法。
核查补偿标准
- 根据《土地管理法》第48条，补偿包括土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费。其中：
- 土地补偿费和安置补助费标准由省、自治区、直辖市通过制定公布区片综合地价确定；
- 地上附着物（如农业设施、建筑物）和青苗补偿费按实际损失协商或评估确定。
- 若补偿标准明显低于市场价值或未覆盖全部损失（如停产停业损失），可要求重新评估或协商补充补偿。
主张权利的途径
- 协商阶段：在补偿安置方案公告期内，可书面提出异议并要求听证，参与方案修改；
- 行政复议：对征用决定或补偿方案不服的，可在知道具体行政行为之日起60日内向上一级政府申请复议；
- 行政诉讼：对复议结果不满或未获答复的，可在6个月内向法院提起诉讼，请求撤销违法征用行为或确认补偿方案违法；
- 国家赔偿：若征用过程中存在违法强拆、毁损财物等行为，可依据《国家赔偿法》主张赔偿。
关键证据保留
- 提前固定证据：对土地现状、设施价值、农作物生长情况等进行拍照、录像，保留土地承包合同、设施建设审批文件、投入成本凭证等；
- 记录征用过程：保存政府公告、通知、协商记录等文件，记录工作人员言行（如强制拆除时间、方式）。
特殊情形处理
- 设施合法性：若设施未取得审批手续（如未办理农业设施用地备案），可能面临补偿减少或行政处罚风险，需结合地方政策争取合理补偿；
- 经营损失：对因征用导致的预期收益损失（如未到期承包经营权、养殖物损失），可主张按市场价值或评估价值补偿；
- 社保安置：若涉及农村集体土地征收，可要求政府落实被征地农民社会保障费用，纳入养老等社会保险体系。
建议：政府征用涉及复杂行政程序和法律适用，建议根据具体情况委托律师介入，通过法律程序争取合法权益最大化。如有疑问，可直接向我咨询具体操作细节。