发生事故后调查发现车辆存在非法营运情况的，需根据事故责任认定和非法营运的违法情节分别处理，具体如下：
事故责任认定与赔偿
事故责任认定仍以《道路交通安全法》为核心依据，由交警部门根据双方行为对事故的作用及过错程度划分责任（如全责、主责、同责、次责）。赔偿范围包括人身损害（医疗费、误工费、伤残赔偿等）和财产损失（车辆维修、物品损毁等），由责任方按比例承担。
关键点：非法营运行为本身不直接改变事故责任划分，但若因非法营运导致车辆超载、超速或驾驶员疲劳驾驶等违规行为，可能加重其责任比例。
非法营运的行政处罚
根据《道路运输条例》第六十三条，未取得道路运输经营许可擅自从事客运或货运的，由交通运输主管部门责令停止经营，并处违法所得2-10倍罚款（无违法所得或不足2万元的，处3-10万元罚款）；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
特殊情形：若非法营运车辆发生重大事故（如致人重伤、死亡或重大财产损失），可能触犯《刑法》第一百三十三条“交通肇事罪”或第一百三十三条之一“危险驾驶罪”（如追逐竞驶、严重超载），面临刑事处罚。
保险理赔的例外情形
商业险通常将非法营运列为免责条款，若保险公司能证明驾驶员事发时正在从事非法营运（如通过行车记录仪、乘客证言等），可能拒绝赔付商业险部分。但交强险仍需在限额内垫付抢救费用，并有权向责任人追偿。
建议：事故后立即联系保险公司报案，配合调查同时保留证据（如现场照片、证人联系方式），以应对可能的理赔纠纷。
多部门联合处置流程
事故处理中，交警部门负责责任认定，交通运输部门调查非法营运事实，市场监管部门可能介入（如涉及无证经营）。若涉及跨区域非法营运，还可能启动联合执法机制。
提示：若对行政处罚或事故责任认定有异议，可在收到决定书后60日内申请行政复议，或6个月内直接向法院提起行政诉讼。
实务建议：若您或他人涉及此类事故，需同时处理民事赔偿、行政处罚及可能的刑事风险，建议优先固定证据（如行车记录、交易记录），并委托律师协助与交警、交通部门及保险公司沟通，以最大限度维护权益。如有进一步细节需要分析，可直接向我咨询。