结论前置：土地流转合同中约定永久流转的条款，在法律上通常是无效的。土地流转必须依法依规进行，不能违反法律关于土地流转期限等强制性规定。
一、法律依据与无效原因
法律依据：
- 根据《中华人民共和国农村土地承包法》的规定，耕地的承包期为三十年，草地为三十年至五十年，林地为三十年至七十年。土地经营权流转应遵循依法、自愿、有偿原则，且流转期限不得超过承包期的剩余期限。这意味着承包地的流转具有明确的时间限制，永久转让违反了这一法律规定。
- 《中华人民共和国民法典》也明确指出，承包人转让承包的农村土地时，若约定永久转让，则转让期限视为约定不明确。双方可以补充约定，但补充约定的期限同样不能超过土地承包的剩余期限。
- 对于国有土地，其所有权归国家，单位和个人只有使用权。以出让方式取得土地使用权的，在转让时需符合一定条件，并且土地出让有最高年限限制（如居住用地七十年，工业用地五十年等）。通过划拨方式取得的土地使用权，在转让时还需经过有批准权的人民政府审批等一系列程序。
无效原因：
- 永久转让协议违背了农村土地的集体所有制性质以及土地承包经营权的相关规定，损害了农村集体和其他成员的利益。
- 这种协议因违反法律的强制性规定而无效，一旦发生纠纷，法院可能会认定该协议无效，转让行为也可能不受法律保护。
二、合同部分无效的处理
如果土地流转合同中约定了永久流转，但其他条款符合法律规定，不影响合同其他部分效力的，其他部分仍然有效。合同双方应对无效部分进行修改和调整，重新约定符合法律规定的流转期限等内容，以确保合同的合法性和有效性。若双方无法就修改达成一致，可视为不定期流转，任意一方在合理催告后有权解除合同。
三、合法流转方式与建议
合法流转方式：
- 农民如有转让土地的需求，应按照法律规定的程序进行土地承包经营权的流转，具体方式包括转包、出租、互换、转让等。
- 在进行土地流转时，需注意主体限制（一般限于本集体经济组织内部成员）、发包方同意、规划与用途管制、受让方资格（应具备农业经营能力）以及不得损害权益等要点。
建议：
- 在签订土地流转合同时，双方应仔细审查并明确约定流转期限，确保该期限符合法律规定。
- 如果需要延长土地使用期限，应在合同期限届满后依法重新办理相关手续，而不是试图通过“永久性流转”来规避法律限制。
- 在处理土地流转问题时，务必确保合同的合法性和有效性，避免因违法而导致合同无效及产生不必要的法律纠纷。
四、法律后果
若土地流转合同中约定了永久流转，且该条款被认定为无效，那么双方可能面临以下法律后果：
- 合同无效部分自始没有法律约束力，双方应返还因该条款取得的财产或进行折价补偿。
- 若因合同无效给一方造成损失的，有过错的一方应承担赔偿责任。
- 在极端情况下，若双方的行为涉嫌违法或犯罪（如非法转让土地使用权罪），还可能面临刑事处罚。
综上所述，土地流转合同中约定永久流转的条款在法律上通常是无效的。在进行土地流转时，务必遵守相关法律法规，确保转让行为的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。