在处理单位收集合同的问题时，关于是收集复印件还是原件，这主要取决于合同的重要性和法律要求。以下是我为您提供的详细解答：

一、合同原件的法律地位

根据我国相关法律规定，在司法实践中，纸质原件具有天然的证据优势。签字盖章的原始性在法庭上是无可辩驳的，而电子证据虽然便捷，但需满足可靠性、完整性要求，证明门槛相对较高。因此，对于重要合同，尤其是带有手写签字、红色公章的合同协议，原件的法律地位是不可替代的。

二、必须保留原件的合同类型

1. 带有手写签字、红色公章的合同协议：这类合同在法律上具有最高的证据效力，必须保留原件。
2. 涉及重大权益的合同：如房产买卖合同、股权转让合同等，这些合同涉及双方的重大权益，原件是保障权益的重要依据。
3. 法律、法规规定必须保留原件的合同：某些特定类型的合同，法律、法规可能明确规定必须保留原件，如人事档案中的原始入职材料等。

三、复印件与原件的共存策略

1. 数字化管理：对于已经保留原件的合同，可以进行数字化扫描，形成电子副本，方便日常查档和使用。但需注意，数字化是复制，不是替代，除非法律明确规定电子文件具有同等效力，否则原件必须保留。
2. 分层管理：根据合同的重要性和使用频率，可以采取分层管理策略。核心档案（如重要合同）应数字化+原件专库保存；常规档案可以数字化+原件普通库房保存；低价值档案可以仅保存数字化副本，原件按程序销毁。
3. 建立调阅审批制度：为了保护原件，减少物理接触，可以建立原件调阅审批制度，确保原件在需要时能够被安全、及时地调阅。

四、专业建议

1. 盘点分级：对现有合同进行全面盘点，按法律价值分级，明确哪些合同必须保留原件，哪些可以仅存电子版。
2. 制定政策：根据盘点结果，制定明确的合同保留政策，确保所有员工都了解并遵守。
3. 改善保管：为核心合同原件提供专业保管环境，如恒温恒湿、防火防盗的库房，确保原件的安全。
4. 定期复核：每年复核一次合同保留政策，及时调整，确保政策的时效性和准确性。

综上所述，对于单位收集合同的问题，建议根据合同的重要性和法律要求来决定是保留原件还是复印件。重要合同必须保留原件，并进行数字化管理以方便日常使用。同时，建立分层管理策略和调阅审批制度，确保原件的安全和有效利用。