在行政诉讼中，涉及商业秘密的案件是否公开，主要取决于案件的具体情况以及相关法律法规的规定，但总体原则是在保护商业秘密的同时，兼顾司法公开与透明。以下从几个方面进行详细分析：

1. 商业秘密的保护原则：

   • 商业秘密作为企业的重要资产，受到法律的严格保护。在行政诉讼中，如果案件涉及商业秘密，法院会采取必要的措施来保护这些秘密不被泄露。这通常包括对案件材料进行保密处理，限制非相关人员的查阅，以及在公开审理时对涉及商业秘密的部分进行不公开处理等。

2. 司法公开与透明的原则：

   • 司法公开是现代法治社会的基本原则之一，它有助于增强司法透明度，提升公众对司法的信任度。然而，在涉及商业秘密的案件中，司法公开的原则需要与商业秘密的保护原则相平衡。法院会根据案件的具体情况，权衡公开审理的利弊，以决定是否对涉及商业秘密的部分进行不公开处理。

3. 具体法律规定：

   • 根据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释的规定，涉及国家秘密、商业秘密和个人隐私的案件，可以不公开审理。这意味着，在行政诉讼中，如果案件涉及商业秘密，法院有权决定不公开审理，以保护商业秘密不被泄露。
   • 同时，即使案件部分涉及商业秘密，法院也可能采取部分公开、部分不公开的方式审理，即对涉及商业秘密的部分进行不公开处理，而对其他部分进行公开审理。

4. 实际操作中的考量：

   • 在实际操作中，法院会综合考虑多种因素来决定是否公开审理涉及商业秘密的案件。这些因素包括商业秘密的重要性、泄露可能造成的损失、公开审理对案件公正处理的影响等。
   • 如果商业秘密的泄露可能对当事人造成重大损失，或者公开审理可能影响案件的公正处理，法院更倾向于不公开审理。

5. 当事人的权利与义务：

   • 作为当事人，在行政诉讼中涉及商业秘密时，有权向法院申请不公开审理，并提供相关证据证明商业秘密的存在及其重要性。
   • 同时，当事人也有义务配合法院的保密措施，不得擅自泄露案件材料或涉及商业秘密的信息。

建议：

• 如果您在行政诉讼中涉及商业秘密，建议及时向法院提出不公开审理的申请，并提供充分的证据证明商业秘密的存在及其重要性。
• 在诉讼过程中，严格遵守法院的保密规定，不得擅自泄露案件材料或涉及商业秘密的信息。
• 如有需要，可以寻求专业律师的帮助，以确保您的商业秘密得到充分保护。

如有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请随时向我咨询。