结论：不了了之的案件被告人是否会有案底，取决于案件的具体性质和处理结果。

分析说明：

1. 刑事案件与行政案件的区别：

   • 刑事案件：如果案件涉及刑事犯罪，即使案件最终“不了了之”（如因证据不足、情节轻微不构成犯罪等原因未进入审判程序或判决无罪），但只要公安机关进行了立案侦查，并采取了相应的刑事强制措施（如拘留、逮捕等），相关记录通常会保留在公安机关的系统中。这些记录虽然不等同于有罪判决的案底，但可能会对被告人的个人信用、就业等方面产生一定影响，特别是在需要政审或背景调查的场合。
   • 行政案件：如果案件属于行政案件范畴，如治安管理处罚等，且最终未对被告人作出行政处罚决定，那么通常不会留下所谓的“案底”。行政案件的记录主要保存在公安机关的行政处罚档案中，未受处罚则无相关记录。

2. 案件处理结果的影响：

   • 无罪判决或撤销案件：如果案件经过法院审理后判决无罪，或者检察机关决定撤销案件，那么被告人不会被视为有犯罪记录，即不会留下案底。
   • 不起诉决定：在审查起诉阶段，如果检察机关认为案件证据不足或情节轻微，决定不起诉，那么被告人同样不会被视为有犯罪记录。但需要注意的是，不起诉决定并不等同于无罪判决，它只是检察机关的一种处理方式。
   • 终止侦查或撤案：在侦查阶段，如果公安机关认为案件证据不足或不符合立案条件，决定终止侦查或撤销案件，那么被告人也不会留下案底。

3. 特殊情况下的记录保留：

   • 即使案件最终未对被告人作出有罪判决或行政处罚决定，但公安机关在侦查过程中收集的证据材料、采取的强制措施记录等，仍可能保留在公安机关的内部系统中。这些记录在特定情况下（如再次涉及类似案件时）可能会被调取和使用。

行动建议：

• 了解案件性质：首先，需要明确案件是刑事案件还是行政案件，以及案件的具体处理结果。这有助于判断被告人是否会留下案底。
• 咨询专业律师：如果案件涉及复杂的法律问题或被告人对案件处理结果有异议，建议咨询专业律师以获取更详细的法律意见和帮助。
• 关注个人信用：即使案件未留下案底，被告人也应关注自己的个人信用和声誉，避免因案件处理过程中的不当行为而对自己造成不利影响。

法律背景：

• 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪。这意味着，只有法院的有罪判决才能构成犯罪记录（案底）。
• 公安机关在侦查过程中收集的证据材料和采取的强制措施记录，虽然不等同于犯罪记录，但可能对被告人的个人信用和声誉产生一定影响。因此，被告人在处理案件时应谨慎行事，避免不必要的麻烦。