结论：在协议离婚后发现妻子婚内怀孕并流产，一般情况下不能直接起诉要求赔偿，但具体还需根据实际情况来判断。
分析说明：
协议离婚的效力：
- 协议离婚是双方自愿离婚，并对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致而达成的协议。一旦离婚协议生效，双方应按照协议内容履行各自义务。
- 离婚协议主要关注的是离婚本身以及离婚后的相关事宜，如子女抚养、财产分割等，并不直接涉及婚内怀孕或流产等具体事件。
赔偿的法律依据：
- 在婚姻关系存续期间，如果一方存在过错行为（如重婚、与他人同居、实施家庭暴力、虐待或遗弃家庭成员等），导致离婚的，无过错方有权请求损害赔偿。
- 然而，婚内怀孕并流产本身并不直接构成上述过错行为，除非能证明流产是由于另一方的过错行为（如暴力、虐待等）导致的。
实际情况的判断：
- 如果妻子在婚内怀孕并流产是由于丈夫的过错行为（如暴力、虐待等）导致的，那么丈夫可能需要承担相应的法律责任，包括赔偿。但这种情况需要充分的证据来支持。
- 如果流产与丈夫的过错行为无关，或者无法证明存在过错行为，那么丈夫通常不需要承担赔偿责任。
诉讼时效的考虑：
- 即使存在可赔偿的情形，也需要注意诉讼时效的问题。一般来说，民事权利受到侵害后，受害人应在一定期限内提起诉讼，否则可能丧失胜诉权。
行动建议：
- 收集证据：如果认为妻子流产与自己的过错行为有关，并希望寻求赔偿，应首先收集相关证据，如医疗记录、证人证言等，以证明自己的过错行为与流产之间的因果关系。
- 咨询专业律师：由于离婚财产纠纷和赔偿问题涉及复杂的法律关系和证据收集，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。
- 考虑和解或调解：在诉讼之前，双方也可以考虑通过和解或调解的方式解决纠纷，以节省时间和成本，并维护双方的关系。
后续思考：
- 在处理类似纠纷时，应充分考虑双方的实际情况和证据情况，以做出合理的判断和决策。
- 离婚不仅涉及法律问题，还涉及情感、家庭关系等多个方面，因此在处理离婚纠纷时，应尽量保持冷静和理性，以寻求最佳解决方案。
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