工程预付款并非强制要求设立保函，是否设立主要取决于合同双方的约定、行业惯例以及项目的具体情况。以下是对此问题的详细分析：
一、法律层面规定
无强制性要求：
- 从法律角度来看，我国现行法律法规并未明确规定工程预付款必须采用银行保函的形式。这意味着，在合同双方协商一致的情况下，可以选择其他形式的担保或信用保障措施。
合同约定优先：
- 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律规定，合同是平等主体的自然人、法人、其他组织之间设立、变更、终止民事权利义务关系的协议。因此，在工程合同中，关于预付款的支付方式及是否要求保函，应首先遵循双方的合同约定。如果合同中有明确要求工程预付款需要提供保函，承包人应严格按照约定提供相应的保函，以保障发包人的利益并确保预付款的合理使用。
二、实践中的常见做法
普遍要求保函：
- 尽管法律没有强制要求，但在实际工程中，发包方为了降低风险，通常会要求承包方提供预付款保函。这是因为预付款是在工程尚未开始或刚开始时支付的，发包方需要一种有效的担保机制来确保资金的安全和合理使用。
保函的作用：
- 预付款保函作为一种信用担保工具，能够约束承包方按照合同约定使用预付款，并在承包方违约时保障发包方的合法权益。它有助于建立双方之间的信任关系，促进工程的顺利进行。
三、行业惯例与资金管理规定
行业惯例：
- 在某些特定行业或领域，或者对于使用特定资金来源（如政府财政资金、国际金融组织贷款等）的工程项目，可能会存在要求提供预付款保函的行业惯例。例如，地方政府在使用财政资金进行基础设施建设时，可能会在项目管理办法或招标文件中规定承包方必须提供预付款保函。
资金管理规定：
- 除了行业惯例外，一些资金管理规定也可能对预付款保函的设立提出要求。这些规定旨在确保资金的安全和效益，防止资金被挪用或滥用。
四、不提供保函的可能后果
影响合同签订：
- 如果承包方拒绝提供预付款保函，可能会导致发包方对承包方的履约能力产生疑虑，进而影响合同的签订。
增加发包方风险：
- 在没有保函的情况下，一旦承包方出现违约行为（如挪用预付款、未能按约定完成工程等），发包方可能面临资金损失和工期延误的风险。
五、建议
合同双方应充分协商：
- 在签订工程合同时，双方应就预付款的支付方式及是否要求保函进行充分协商，并明确相关条款。这有助于避免后续可能出现的纠纷和风险。
关注行业惯例和资金管理规定：
- 双方应密切关注行业惯例和资金管理规定的变化，以确保合同的合法性和有效性。如果项目涉及特定行业或资金来源，应特别注意相关规定的要求。
合理选择担保方式：
- 如果合同中未明确约定或相关法律法规未作出强制性规定，承包人在申请工程预付款时则不一定需要提供保函。但双方仍应考虑其他形式的担保或信用保障措施，以确保工程的顺利进行和双方权益的有效保护。
综上所述，工程预付款是否设立保函并没有明确的法律规定，而是取决于多种因素的综合考量。在实际操作中，建议合同双方充分协商并明确相关条款，同时关注行业惯例和资金管理规定的变化。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。