判决关联企业之间享有的优先权，并不因实质性合并破产而自动消灭。以下是对此问题的详细分析：
一、实质性合并破产的基本概念
实质性合并破产，是指将两个或两个以上的关联企业视为一个单一企业，在破产程序中合并处理其资产和负债。这种处理方式通常适用于关联企业之间存在高度混同，如资产、负债、业务、人员等方面难以区分，以至于单独破产会损害债权人公平受偿权益的情况。
二、优先权的基本性质
优先权，是指特定债权人基于法律规定或合同约定，在债务人破产时，就债务人的特定财产享有优先于其他债权人受偿的权利。这种权利通常具有法定性、特定性和排他性等特点。
三、实质性合并破产对优先权的影响
优先权不因合并而自动消灭：
- 实质性合并破产虽然将关联企业视为一个单一企业，但并不意味着各关联企业之间的原有法律关系（包括优先权）自动消灭。优先权是基于法律规定或合同约定产生的，其存在和行使不受企业合并的影响。
- 在实质性合并破产中，管理人或法院应当尊重并保护合法有效的优先权，确保优先权人在破产程序中能够依法行使权利。
优先权的行使可能受到一定限制：
- 尽管优先权不因合并而自动消灭，但在实质性合并破产中，优先权的行使可能受到一定限制。例如，如果合并后的企业资产不足以清偿所有债务，优先权人可能需要与其他债权人按比例受偿，或者在某些情况下，优先权可能因合并后的企业资产状况而无法得到完全实现。
- 此外，如果优先权是基于关联企业之间的特定交易或安排产生的，且该交易或安排在合并前存在瑕疵或违法情形，那么优先权在合并后可能面临被撤销或无效的风险。
具体案件需具体分析：
- 实质性合并破产对优先权的影响还取决于具体案件的情况。例如，合并前各关联企业的资产、负债状况、优先权的种类和范围、合并后的企业资产状况等因素都会影响优先权的行使和实现。
- 因此，在处理涉及实质性合并破产和优先权的案件时，需要综合考虑各种因素，根据具体情况进行判断和决策。
四、法律建议
对于优先权人：
- 在关联企业可能面临破产时，应密切关注企业的财务状况和破产进展，及时行使优先权以保护自身权益。
- 如果关联企业被裁定实质性合并破产，应积极参与破产程序，与管理人或法院沟通协商，确保优先权得到合法有效的保护。
对于关联企业：
- 在日常经营中，应规范财务管理和交易行为，避免资产、负债、业务等方面的混同，以降低实质性合并破产的风险。
- 如果面临破产风险，应积极与债权人沟通协商，寻求债务重组或和解等解决方案，以尽量减少对优先权人和其他债权人的影响。
对于管理人或法院：
- 在处理实质性合并破产案件时，应充分尊重并保护合法有效的优先权，确保破产程序的公平、公正和高效进行。
- 应加强对关联企业之间交易和安排的审查力度，防止利用合并破产逃避债务或损害债权人权益的行为发生。
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