有宅基地证的房屋屋顶破了，该房屋仍然算合法存在。以下从几个方面进行详细分析：

1. 宅基地证的法律效力：

   • 宅基地证是农村村民合法拥有宅基地使用权的法律凭证。只要宅基地证是合法有效的，且房屋建在宅基地证所规定的范围内，那么该房屋就享有合法的土地使用权。

2. 房屋屋顶破损的性质：

   • 房屋屋顶破损属于房屋的自然损耗或意外损坏，并不改变房屋本身的合法性。房屋的合法性主要取决于其建设是否符合规划、是否取得相关建设许可，以及是否建在合法的宅基地上。

3. 房屋合法性的判断标准：

   • 房屋的合法性并非仅由房屋的完好状态决定。即使房屋屋顶破损，只要房屋的主体结构仍然存在，且没有违反相关法律法规（如未经批准擅自建设、超出宅基地范围建设等），那么该房屋仍然被视为合法存在。

4. 屋顶破损后的处理建议：

   • 如果房屋屋顶破损，建议及时进行修缮，以确保房屋的安全和正常使用。修缮时，应遵守当地的建筑规范和安全标准，确保修缮工作不会对房屋的结构安全造成影响。
   • 同时，如果屋顶破损是由于自然灾害等不可抗力因素造成的，还可以考虑向相关部门申请灾害救助或保险理赔。

5. 特殊情况下的考虑：

   • 如果房屋屋顶破损严重，导致房屋无法居住或存在安全隐患，且长时间未进行修缮，那么可能会引发相关部门的关注。在这种情况下，建议及时与当地村委会或相关部门沟通，说明情况并寻求帮助。
   • 另外，如果房屋屋顶破损是由于他人侵权造成的，如邻居的树木倒塌砸坏屋顶等，那么还可以考虑向侵权人主张赔偿。

总结来说，有宅基地证的房屋屋顶破了，并不影响房屋的合法性。只要房屋建在合法的宅基地上，且没有违反相关法律法规，那么该房屋仍然被视为合法存在。如果屋顶破损严重或存在安全隐患，建议及时进行修缮或与相关部门沟通。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。