发现仓库里存在商标侵权包装箱，可能面临行政处罚、民事赔偿，情节严重的还可能涉及刑事处罚。具体如下：
行政处罚：
- 根据《中华人民共和国商标法》第六十条的规定，工商行政管理部门有权对商标侵权行为进行处理。如果发现仓库中存放有商标侵权的包装箱，工商行政管理部门可以责令立即停止侵权行为，并可能采取没收、销毁侵权商品以及主要用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具等措施。
- 此外，违法经营额五万元以上的，可以处违法经营额五倍以下的罚款；没有违法经营额或者违法经营额不足五万元的，可以处二十五万元以下的罚款。
民事赔偿：
- 商标权人有权要求侵权人承担民事赔偿责任。这通常包括因侵权行为导致的直接经济损失，如销售减少、利润损失等，以及可能产生的合理维权费用，如律师费、调查取证费等。
- 在确定赔偿数额时，法院会综合考虑侵权行为的性质、持续时间、影响范围以及商标权人的实际损失等因素。
刑事处罚（如构成犯罪）：
- 如果商标侵权行为情节严重，构成犯罪的，依法应当追究刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，未经注册商标所有人许可，在同一种商品、服务上使用与其注册商标相同的商标，情节严重的，处三年以下有期徒刑，并处或者单处罚金；情节特别严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
- 在仓库中发现大量商标侵权包装箱，且侵权行为持续时间长、影响范围广的，很可能被视为情节严重或情节特别严重，从而面临刑事处罚。
建议：
- 如果发现仓库中存在商标侵权的包装箱，应立即停止相关侵权行为，并主动与商标权人联系，寻求和解或协商解决方案。
- 同时，应积极配合工商行政管理部门的调查和处理工作，如实提供相关证据和信息。
- 如果涉及刑事犯罪的风险较高，建议及时咨询专业律师，了解相关法律风险和应对策略。
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