在处理违法但没有证据且被告人拒不认罪的情况时，我们主要依据的是“疑罪从无”和“证据裁判”等核心司法原则。以下是对这一问题的详细解答：

一、“疑罪从无”原则的解读

“疑罪从无”是刑事诉讼中的一项重要原则，它指的是在刑事诉讼过程中，如果证据不足以确定被告人有罪，那么应当作出无罪判决。这一原则强调了证据的充分性和确凿性在定罪中的关键作用，旨在保护被告人的合法权益，防止无辜者受到错误的定罪和处罚。

二、不同诉讼阶段的具体应用

1. 侦查阶段：

   • 公安机关在拘留犯罪嫌疑人后，应在24小时内进行讯问。如果发现不应拘留，应立即释放并发给释放证明。
   • 若没有证据证明犯罪嫌疑人实施了犯罪行为，公安机关应撤销案件。如果犯罪嫌疑人已被逮捕，应立即释放并通知原批准逮捕的人民检察院。

2. 审查起诉阶段：

   • 人民检察院在审查案件时，如果认为需要补充侦查，可以退回公安机关或自行侦查，但补充侦查的次数有限制，通常为二次。
   • 对于经过二次补充侦查后，仍然认为证据不足、不符合起诉条件的案件，人民检察院应作出不起诉决定，即“存疑不起诉”。此时，如果被不起诉人在押，应立即释放；被扣押、冻结的财物，也应解除扣押、冻结。

3. 审判阶段：

   • 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的规定，如果证据不足、不能认定被告人有罪，法院应作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。即使被告人不认罪，只要证据不足以达到“事实清楚，证据确实、充分”的证明标准，法院也应依法作出无罪判决。
   • 如果第一审人民法院判决被告人无罪或免除刑事处罚，且被告人在押，宣判后应立即释放。

三、总结与建议

“疑罪从无”原则贯穿于刑事诉讼的全过程，从侦查、审查起诉到审判阶段，都要求司法机关在证据不足的情况下，不得轻易定罪，而应依法作出无罪处理。这一原则不仅保护了被告人的合法权益，也维护了法律的公正和权威。

对于您提出的问题，如果确实存在证据不足且被告人拒不认罪的情况，司法机关将严格依据“疑罪从无”原则进行处理。如果您或您身边的人遇到类似情况，建议及时咨询专业律师，以便更好地了解案件进展和法律权益。同时，也希望您能理解并尊重司法程序，相信法律会给出公正的裁决。