当纳税人善意取得虚开的增值税专用发票并被税务机关查实时，确实可能会面临补缴税款及滞纳金的情况。以下是对这一问题的详细解答：

一、善意取得的界定

首先，我们需要明确“善意取得”的定义。根据相关法律法规，善意取得虚开的增值税专用发票需同时满足以下条件：

1. 购货方不知情：在交易过程中，购货方并不知道销售方提供的增值税专用发票是以非法手段获得的。
2. 以正常价格购入：购货方与销售方之间的交易价格符合市场规律，不存在明显不合理的低价或高价。
3. 发票内容与实际相符：增值税专用发票上注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际交易情况一致。
4. 无证据表明购货方知情：没有证据显示购货方在购买商品或服务时知晓销售方的发票来源不合法。

二、补缴税款及滞纳金

若税务机关认定纳税人善意取得虚开发票，纳税人需补缴因抵扣该发票而产生的税款。同时，根据税收征管法的相关规定，纳税人还可能被加收滞纳金。滞纳金通常自滞纳税款之日起按日万分之五计算，直至税款完全补缴为止。

举例说明：假设某企业因善意取得虚开发票多抵扣了进项税额10万元，且该税款已滞纳了30天。那么，该企业除了需要补缴这10万元的税款外，还需要支付1500元（10万元×0.0005×30天）的滞纳金。

三、其他处理措施

除了补缴税款及滞纳金外，纳税人还可能需要采取以下措施：

1. 申请退税（如适用）：若已申报出口退税且涉及虚开发票，需主动向税务机关报告并退回已退税款。
2. 配合税务调查：提供交易合同、付款凭证、物流单据等材料证明交易的真实性，以协助税务机关进行调查。
3. 解除异常凭证状态（如适用）：如果发票被认定为异常凭证，纳税人可以通过申诉程序消除其异常认证状态。

四、风险防范建议

为了避免类似情况的发生，纳税人可以采取以下风险防范措施：

1. 强化供应商管理：核查合作方的税务登记信息、经营资质及信用等级，优先选择信誉良好的纳税人作为合作伙伴。
2. 完善内控机制：建立发票审核流程，要求业务部门对发票的真实性负责，财务部门进行二次复核，确保发票的合法性和真实性。
3. 加强税法培训：定期组织财务人员学习最新的税收政策，提升他们对虚开发票等税收风险的识别能力。

五、法律责任说明

虽然善意取得虚开发票不构成偷税行为，但纳税人仍需承担一定的行政责任。根据税收征管法的相关规定，纳税人可能面临5万元以下的罚款；情节严重者，罚款金额可能高达5万元以上50万元以下。然而，与恶意取得虚开发票相比，善意取得者不承担刑事责任。

综上所述，善意取得虚开的增值税专用发票被查实时，纳税人确实需要补缴税款及可能面临的滞纳金。因此，建议纳税人在日常经营中加强发票管理，完善内控机制，以降低税收风险。