公司合同章丢失后，应立即采取以下措施以有效规避法律风险并保障公司的合法权益：

一、立即确认与内部管控

1. 确认印章丢失：首先，组织相关人员在公司范围内进行全面寻找，包括办公区域、文件柜、保险柜等可能存放印章的地方。若经过仔细寻找仍无法找到，则确定印章已丢失。
2. 暂停相关业务：为避免在印章丢失期间发生未经授权的盖章行为，应立即通知公司各部门暂停使用该合同章开展业务，特别是涉及合同签署、文件盖章等关键环节。
3. 风险评估：组织法务、财务、业务等部门共同评估因合同章丢失可能引发的风险，包括未完成的合同签署、已盖章但未履行完毕的合同等，以便制定针对性的应对措施。

二、正式报案与声明

1. 报警处理：携带公司营业执照副本原件、法定代表人身份证原件等相关证明材料，前往公司所在地的公安机关报案，详细说明印章丢失的情况，包括丢失时间、地点、可能的原因等，并取得报案回执。
2. 登报声明：根据当地公安机关的要求，在指定报纸上刊登合同章遗失声明。声明中应明确表明该印章已作废，并注明印章的名称、编号、丢失时间等信息，以防范他人利用丢失的印章进行不法活动。

三、重新刻制与备案

1. 准备材料：准备好营业执照副本原件及复印件、法定代表人身份证原件及复印件、加盖公章的刻章申请书、公安机关出具的报案回执以及刊登遗失声明的报纸原件等材料。
2. 刻制新章：前往公安机关指定的印章刻制单位刻制新的合同章。在刻制过程中，应确保新印章的规格、样式等与原印章一致，以便后续使用。
3. 备案登记：新印章刻制完成后，需到当地公安机关进行备案登记。备案时，应提交新印章的印模、刻制单位出具的证明等材料，确保新印章的信息纳入管理系统，保证使用的合法性和安全性。

四、通知与合作方沟通

1. 正式通知合作方：以书面函件形式通知公司的合作伙伴、客户等相关方合同章丢失及新章启用的情况。函件中应明确说明新印章的启用时间、印章样式等信息，并附上新印章的印模，以便合作方进行核对和确认。
2. 更新相关信息：将新合同章的信息及时更新到公司相关资料和系统中，如合同管理系统、财务系统等，确保业务活动的正常进行。同时，通知公司内部相关部门和人员使用新印章，并停止使用原印章。

五、内部管理与监控强化

1. 完善管理制度：重新审视并完善公司的印章管理制度，明确印章的保管、使用流程和审批权限。制度中应规定印章的存放地点、保管人员、使用登记等要求，确保印章的安全使用。
2. 加强监督与管理：加强对印章使用的监督和管理，建立印章使用登记制度，对每次印章的使用情况进行详细记录。同时，定期对印章的使用情况进行检查和审计，确保印章的使用符合规定。
3. 持续监控风险：持续关注公司业务活动，检查是否存在异常的合同签署或其他可能涉及印章风险的情况。如发现异常情况，应立即采取措施进行处理，并及时向公司高层报告。
4. 自查与整改：对公司内部进行彻底的自查，查明合同章丢失的原因和责任人。根据自查结果，对相关责任人进行处理，并采取措施防止类似事件再次发生。例如，加强员工的安全意识培训、改善印章保管条件等。

六、法律风险防范

在整个处理过程中，应密切关注可能涉及的法律风险，并及时采取措施进行防范。如发现有人利用丢失的合同章从事不法活动，应立即向公安机关举报并配合调查。同时，保留好相关证据材料，以便在后续的法律纠纷中维护公司的合法权益。

总结来说，公司合同章丢失后，应迅速采取一系列有序的措施，包括确认与内部管控、正式报案与声明、重新刻制与备案、通知与合作方沟通、内部管理与监控强化以及法律风险防范等。这些措施将有助于确保公司的合法权益不受损害，并加强印章管理，提升法律意识，为公司持续稳健发展提供坚实保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。