在借款协议中，使用合同章或公章都是可以的，但具体使用哪种章需根据公司的规定和实际情况来决定，且需确保用章的合法性和有效性。以下是对这一问题的详细分析：

一、合同章与公章的法律效力

1. 合同章：合同章是专门用于签订合同的印章，它代表了公司在合同签订方面的授权。在借款协议上加盖合同章，通常意味着公司认可该协议的内容，并愿意承担相应的法律责任。

2. 公章：公章是公司最高权力的象征，具有最高的法律效力。它不仅可以用于签订合同，还可以用于公司的其他重要法律文件。在借款协议上加盖公章，同样表示公司对该协议的认可和承担法律责任的意愿。

二、使用合同章或公章的考虑因素

1. 公司规定：不同公司可能有不同的用章规定。有些公司可能规定借款协议必须使用公章，而有些公司则可能允许使用合同章。因此，在使用前，应先了解公司的相关规定。

2. 交易习惯：在某些行业或地区，可能存在特定的交易习惯或惯例。例如，某些行业可能更倾向于使用公章来签订重要合同，以体现合同的严肃性和重要性。

3. 合同金额与重要性：对于金额较大或对公司具有重要影响的借款协议，使用公章可能更为稳妥，以体现公司对该交易的重视和谨慎态度。

三、用章的合法性与有效性

1. 合法性：无论使用合同章还是公章，都必须确保用章的合法性。即，用章必须是在公司授权范围内进行的，且用章人员必须具有相应的权限。

2. 有效性：用章后，借款协议即具有法律效力。但为了确保协议的有效性，还应注意以下几点：

   • 协议内容必须合法、合规，不得违反法律法规的强制性规定。
   • 协议双方必须具有相应的民事行为能力，且意思表示真实。
   • 协议形式必须符合法律规定，如需要书面形式、需要公证或见证等。

四、建议与注意事项

1. 在使用前咨询公司法务或相关部门：以了解公司的用章规定和流程，确保用章的合法性和有效性。

2. 妥善保管印章：无论是合同章还是公章，都应妥善保管，防止被盗用或滥用。

3. 在协议中明确用章情况：可以在借款协议中明确注明使用的印章类型（合同章或公章），以避免后续争议。

如果您在借款协议用章方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。