房屋搬迁补偿协议在符合一定条件下是可以申请行政复议的。以下是对这一问题的详细解答：
一、法律依据
根据《中华人民共和国行政复议法》的相关规定，公民、法人或者其他组织若认为行政机关的具体行政行为侵犯了其合法权益，均有权向行政复议机关提出行政复议申请。房屋搬迁补偿协议，作为行政机关在征收过程中与被征收人签订的一种具体行政行为，若存在违法或不当之处，被征收人自然有权依法申请行政复议。
二、可申请行政复议的具体情形
程序违法：
- 行政机关在签订房屋搬迁补偿协议时，若未遵循法定程序，如未进行公告、未听取被征收人的意见，或者在未与被征收人就补偿方式、补偿金额等关键条款达成一致的情况下，强行要求被征收人签订协议，均构成程序违法。
内容违法：
- 协议内容若违反法律法规的强制性规定，如补偿标准低于法定标准、剥夺被征收人的合法权益等，也构成内容违法。例如，协议中约定的补偿金额明显低于当地同类房屋的市场价值，或者未包含对被征收人因搬迁造成的停产停业损失的补偿。
主体不适格：
- 若与被征收人签订协议的行政机关不具备相应的法定职权，如某街道办事处未经授权擅自与被征收人签订房屋搬迁补偿协议，则构成主体不适格。
欺诈、胁迫：
- 行政机关在签订协议过程中若存在欺诈、胁迫等行为，导致被征收人在违背真实意愿的情况下签订协议，也构成可申请行政复议的情形。例如，行政机关以不给予补偿相威胁，迫使被征收人签订不公平的补偿协议。
其他违法情形：
- 如行政机关滥用职权、超越职权签订协议等，同样构成可申请行政复议的情形。
三、申请行政复议的程序
确定复议机关：
- 被征收人应向作出该具体行政行为的行政机关的上一级行政机关申请行政复议。
提交申请材料：
- 包括行政复议申请书、身份证明、相关证据材料等。申请书应明确陈述申请复议的事实、理由和请求。
等待受理和审理：
- 复议机关收到申请后，会进行审查并决定是否受理。受理后，将按照法定程序进行审理，包括听取双方意见、审查证据等。
作出复议决定：
- 复议机关根据审理结果，作出维持、撤销、变更或确认违法的复议决定。若复议决定维持原协议，被征收人仍可通过行政诉讼等途径进一步维权。
四、实际操作中的考量
虽然房屋搬迁补偿协议在符合上述条件时可申请行政复议，但具体能否申请以及申请的结果如何，还需根据案件的具体情况和相关证据来判断。例如，征收程序是否合法、补偿标准是否合理等都是影响复议结果的重要因素。因此，在申请行政复议前，建议被征收人充分收集证据，咨询专业律师，以制定更有效的维权策略。
综上所述，房屋搬迁补偿协议在符合法定条件和实际情况时，是可以申请行政复议的。这一制度旨在保护公民、法人和其他组织的合法权益不受行政行为的侵害，并通过行政复议这一法律手段来纠正可能的违法或不当行为。