扣除员工工资以惩罚其与老板出轨的行为是不合法的。下面我将从法律角度详细解释这一结论。

1. 工资扣除的合法性：

   • 根据劳动法，工资的扣除必须有明确的法律依据或合同约定。通常，工资的扣除与员工的工作表现、出勤情况或违反公司规章制度等行为直接相关。
   • 出轨行为属于员工的私人道德问题，并非工作行为或职责范围内的失误，因此不能作为扣除工资的理由。

2. 公司规章制度的约束：

   • 即便公司规章制度中规定了某些行为会导致工资扣除，但这些规定也必须符合法律法规，不能侵犯员工的合法权益。
   • 如果公司规章制度中将出轨行为作为扣除工资的依据，这样的规定本身就是不合法的，员工有权提出异议并寻求法律救济。

3. 道德问题的法律界限：

   • 出轨行为虽然违背了社会道德和公序良俗，但法律并未将其规定为违法行为，因此不能作为法律处罚的依据。
   • 公司或老板不能以道德问题为由，擅自扣除员工的工资。

4. 法律建议：

   • 如果员工遭遇此类情况，可以与公司进行沟通，要求恢复被扣除的工资，并指出公司的行为违反了法律法规。
   • 如果沟通无果，员工可以向劳动监察部门投诉，或者通过法律途径维护自己的合法权益。

综上所述，扣除员工工资以惩罚其与老板出轨的行为是不合法的。公司或老板应该尊重员工的合法权益，遵守法律法规，以合法、合理的方式管理员工。如果你还有其他法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。