针对您提出的“业主在小区种花怎么处理”的问题，这确实是一个涉及小区公共空间管理和业主权益的复杂议题。以下是我根据相关法规和实际案例，为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，小区公共空间是全体业主共有的，其使用和管理应当遵循相关法律法规和小区管理规约。在公共空间内擅自进行种植活动，可能会影响到其他业主的正常使用和小区的整体环境。
一、关于在楼顶种花
根据《住宅小区违法建设分类处置办法》的相关规定，在楼顶种花属于擅自改变楼顶用途的行为，依法应当恢复原状。这是因为楼顶作为建筑物的公共部分，其设计用途并非用于种植，擅自种植可能会破坏楼顶的防水层、排水系统等，进而影响到建筑物的结构安全和使用寿命。此外，如果种植活动产生异味、蚊虫等问题，还会对其他业主的生活造成困扰。
二、关于在公共空间种花
如果种植活动未改变原有绿化形式：即业主在公共空间内种植的花卉并未破坏原有的绿化布局和植被，且得到了物业公司的同意和管理，那么这种种植活动是可以被接受的。但需要注意的是，业主应当自行负责花卉的养护和管理，确保不会对其他业主造成困扰。
如果种植活动改变了原有绿化形式：即业主擅自改变了公共空间的绿化布局，或者种植了不符合小区管理规约的植物，那么这种种植活动就是违法的。根据相关规定，物业公司有权要求业主恢复原状，并可能面临相应的处罚。
三、实际案例参考
以您提供的案例为例，市城管委在接到关于楼顶住户私搭乱建、种植花卉蔬菜的投诉后，立即进行了调查核实，并对私自搭建的建筑进行了拆除。这充分说明了政府部门对于小区公共空间管理的重视和决心。
四、建议处理方式
与业主沟通：首先，物业公司可以尝试与种植花卉的业主进行沟通，了解其种植的动机和目的，并告知其相关法律法规和小区管理规约的要求。通过沟通，可能能够达成共识，让业主自行整改。
发出整改通知：如果沟通无果，物业公司可以向业主发出书面整改通知，要求其在规定时间内恢复原状。整改通知应当明确整改的内容、期限和后果等。
报告相关部门：如果业主拒不整改或者整改不到位，物业公司可以向城管、规划等相关部门报告，请求其介入处理。相关部门将根据法律法规的规定，对违法行为进行查处。
纳入小区公共绿化管理：如果种植活动符合小区管理规约的要求，且得到了其他业主的同意，物业公司可以考虑将其纳入小区公共绿化管理范畴，由物业公司统一进行养护和管理。
综上所述，业主在小区种花的问题需要根据具体情况进行具体分析。物业公司应当积极履行管理职责，与业主进行沟通协商，确保小区公共空间的合理使用和管理。同时，业主也应当自觉遵守相关法律法规和小区管理规约的要求，共同维护小区的良好环境和秩序。