结论前置：是否违法需分情况讨论，若公司明确禁止捕捞或鱼苗属于公司财产，则捕捞行为可能违法；若公司允许或存在特殊约定，则可能不违法。具体处理方式需根据实际情况判断。

1. 若公司明确禁止捕捞或鱼苗属于公司财产
   根据《民法典》第二百六十七条，私人的合法财产受法律保护，禁止任何组织或者个人侵占、哄抢、破坏。若鱼苗属于公司所有，且公司明确禁止捕捞（如通过规章制度、公告等方式告知），则擅自捕捞可能构成对公司财产权的侵犯，公司有权要求你停止侵害、返还财产或赔偿损失。若捕捞行为情节严重（如多次捕捞、数量较大），还可能涉嫌违反《治安管理处罚法》第四十九条，面临行政处罚（如拘留、罚款）；若数额较大或情节恶劣，甚至可能构成《刑法》第二百六十四条规定的盗窃罪，需承担刑事责任。

2. 若公司允许捕捞或存在特殊约定
   若公司通过书面协议、口头允许或默认方式（如长期未制止）同意员工或他人捕捞鱼苗，则捕捞行为可能不违法。但需注意：

   • 约定内容：需明确捕捞的范围、数量、时间等条件，避免超出约定范围；
     
   • 公司性质：若公司为渔业企业，鱼苗可能属于生产资料，捕捞需符合生产管理规定；
     
   • 公共利益：若捕捞行为影响公司正常经营或他人权益（如破坏生态、影响其他员工工作），仍可能被禁止。

3. 特殊情况：鱼苗属于无主物或公共资源
   若鱼苗系公司投放于公共水域（如河流、湖泊），且公司未明确主张所有权，则可能被视为无主物或公共资源。此时捕捞需遵守《渔业法》等相关规定，如办理捕捞许可证、遵守禁渔期等。若未取得许可擅自捕捞，可能面临行政处罚；若使用禁用工具或方法捕捞，还可能构成非法捕捞水产品罪。

处理建议：

• 立即停止行为：若不确定是否违法，应先停止捕捞，避免扩大风险；
  
• 核实公司规定：查阅公司规章制度、劳动合同或咨询公司管理层，确认鱼苗所有权及捕捞政策；
  
• 协商解决：若因误捕或特殊情况需捕捞，可与公司协商，签订书面协议明确权利义务；
  
• 法律救济：若公司以违法为由追究责任，可收集证据（如公司允许捕捞的记录、鱼苗归属证明等）维护自身权益；若认为公司行为违法（如侵占公共资源），可向相关部门举报。

总结：捕捞公司鱼苗是否违法需结合鱼苗所有权、公司规定及捕捞行为性质综合判断。建议优先通过协商或法律途径明确权利义务，避免纠纷升级。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律问题。