公司间的保密协议盖公司部门章，在特定条件下是可以生效的，但并非绝对，需结合具体情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
合同生效的一般要件：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同生效一般需要满足行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定、不违背公序良俗等条件。保密协议作为合同的一种，同样需要满足这些基本条件。
- 盖章是合同成立的一种方式，但并非唯一方式。合同可以书面、口头或其他形式订立，只要双方意思表示一致且符合法律要求，合同即可成立。然而，在商业实践中，为了证明合同的真实性和双方的意思表示，通常会选择盖章作为合同成立的一种形式。
部门章的法律效力：
- 部门章通常代表公司内部某个部门的意志，而非公司整体的意志。因此，在一般情况下，部门章可能不被视为具有代表公司签订合同的法律效力。
- 但是，如果公司明确授权该部门使用部门章签订保密协议，或者该部门在签订保密协议时具有足够的权限和代理权，且该行为得到了公司的事后追认，那么部门章签订的保密协议仍然可能被视为有效。
实际案例与司法实践：
- 在司法实践中，法院会综合考虑多种因素来判断部门章签订的保密协议是否有效，包括但不限于：部门章的使用是否得到了公司的明确授权、签订保密协议的部门是否具有足够的权限、保密协议的内容是否合法且符合双方的真实意思表示等。
- 如果公司能够证明部门章的使用是未经授权的，或者签订保密协议的部门没有足够的权限，那么法院可能会认定该保密协议无效。
建议与风险防范：
- 为了避免因部门章使用不当而引发的法律纠纷，建议公司在签订保密协议时使用公司公章或合同专用章，以确保合同的有效性和可执行性。
- 如果确实需要使用部门章签订保密协议，公司应明确授权该部门使用部门章，并在协议中注明授权范围和期限，以降低法律风险。
- 在签订保密协议前，双方应充分沟通并明确各自的权利和义务，确保协议内容合法且符合双方的真实意思表示。
总结来说，公司间的保密协议盖公司部门章并非绝对无效，但存在较大的法律风险。为了确保协议的有效性和可执行性，建议使用公司公章或合同专用章签订保密协议。如果确实需要使用部门章，应明确授权并注明授权范围和期限。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。