协查函确实可以跨部门使用。以下是对这一问题的详细解答：

首先，从政务服务的角度来看，协查函跨部门使用是为了提升服务效能和群众满意度。以安阳市北关区为例，他们创新构建了“政务协查”机制，通过打破数据壁垒、整合部门资源，实现了政务服务从“被动受理”向“主动协办”的转变。在这个机制中，协查专员会“一对一”对接相关部门，实时核验需跨部门调取的证明材料，如婚姻证明、企业档案等，从而避免了群众多头奔波。这充分说明了协查函在政务服务中是可以跨部门使用的，并且这种使用方式极大地提高了办事效率。

其次，从劳动保障监察的角度来看，协查函跨部门（甚至跨地区）使用也是被明确规定的。根据《跨地区劳动保障监察案件协查办法》，各级人力资源社会保障行政部门在实施劳动保障监察过程中，如果发现案件需要跨省、自治区、直辖市调查，可以委托案件相关地的人力资源社会保障行政部门协助调查并反馈协查结果。这一规定不仅明确了协查函可以跨地区使用，还详细规定了协查的具体实施流程、工作范围、回函时间等，为协查工作的规范化和高效化提供了有力保障。

在实际操作中，协查函的跨部门使用通常遵循合法、公正、高效的原则。委托方会发出书面形式的委托协查函，明确涉案单位基本情况、协查范围、涉嫌违法事实、协助调查事项及内容等。受托方在收到委托协查函后，会按照协查请求和相关规定开展协查工作，并及时发送协查回函。这种跨部门协作的方式，有助于打破部门间的信息壁垒，实现资源共享和优势互补，从而提高整体工作效率。

综上所述，协查函是可以跨部门使用的，并且在政务服务和劳动保障监察等领域都有明确的应用实例和规定。这种跨部门协作的方式有助于提升服务效能、保障群众权益、促进社会和谐稳定。