行政机关对于已进入破产清算程序且不缴纳罚款的当事人，应按照《企业破产法》及相关行政法规的规定，通过申报债权的方式参与破产程序，不得直接采取强制执行措施。 具体处理方式如下：

1. 及时申报债权
   行政机关应在法院确定的债权申报期限内，向破产管理人申报罚款债权。申报时需提交罚款决定书、执行文书等证明材料，并明确债权性质（通常为普通债权，若罚款与违法行为直接相关且涉及公共利益，可能被认定为优先债权，但需结合具体案情判断）。
   法律依据：《企业破产法》第48条、第57条。

2. 债权审查与确认
   破产管理人将对申报的债权进行审查，并编制债权表提交债权人会议核查。行政机关需配合提供补充材料或说明，若对审查结果有异议，可向法院提起债权确认之诉。
   注意：若罚款涉及行政处罚的效力问题（如程序违法），可能影响债权确认结果。

3. 参与破产分配
   经确认的罚款债权将按破产财产分配方案受偿。若破产财产不足以清偿全部债务，行政机关作为普通债权人的受偿率可能较低；若为优先债权，则优先于普通债权受偿，但仍需以破产财产为限。
   例外情形：若当事人存在恶意逃废债务行为（如隐匿财产），行政机关可申请法院撤销相关行为并追回财产。

4. 终止行政强制执行程序
   根据《企业破产法》第19条，法院受理破产申请后，有关债务人财产的保全措施应当解除，执行程序应当中止。行政机关不得再对当事人采取查封、扣押、冻结等强制执行措施，但可依法参与破产程序主张权利。

建议：

• 行政机关应密切关注破产程序进展，及时与管理人沟通债权申报及审查情况；
  
• 若罚款涉及重大公共利益（如环境污染、食品安全等），可尝试通过债权人会议推动破产财产处置方案优先保障行政债权；
  
• 对于恶意破产情形，可向法院申请对破产管理人或债务人相关责任人员追究法律责任。
  

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