结论：村委会转让给村民建厂房的土地未登记二次转让的合法性需分情况讨论，主要取决于土地性质、转让程序是否合法合规等因素。以下从不同角度进行分析：

1. 土地性质对合法性的影响

• 集体建设用地：如果该土地属于集体建设用地（如乡镇企业用地、公共设施用地等），根据《土地管理法》第六十三条，集体建设用地使用权可以依法转让，但需满足一定条件，例如：
  • 转让方和受让方需为同一集体经济组织成员；
  • 转让需经村民会议或村民代表会议三分之二以上成员同意；
  • 转让后用途需符合土地利用总体规划和城乡规划。
  • 若未登记：未办理土地使用权登记的转让行为，虽然不影响合同效力（根据《民法典》第二百一十五条，未办理物权登记不影响合同效力），但无法对抗善意第三人，且可能面临行政处罚（如责令补办登记或收回土地）。
• 农用地：如果该土地属于农用地（如耕地、林地等），未经依法批准擅自转让用于建厂房，属于非法占用农用地行为，违反《土地管理法》第四十四条和第七十七条，转让行为无效，且可能面临行政处罚甚至刑事责任。

2. 转让程序对合法性的影响

• 合法程序：若村委会转让土地时已履行法定程序（如召开村民会议、报乡镇政府批准、签订书面合同等），即使未登记，转让行为在合同层面仍可能有效，但受让方需尽快补办登记手续以保障权益。
• 程序瑕疵：若转让程序存在瑕疵（如未经村民会议同意、未报批等），转让行为可能被认定为无效或可撤销，受让方难以主张权益。

3. 二次转让的合法性

• 首次转让合法的前提下：若首次转让合法（如集体建设用地使用权转让），受让方在取得土地使用权后，可依法再次转让，但需满足相同条件（如集体经济组织成员资格、村民会议同意等）。未登记的二次转让同样面临无法对抗第三人的风险。
• 首次转让违法的前提下：若首次转让违法（如农用地非法转让），二次转让行为自然无效，且可能涉及更严重的法律后果（如连带责任）。

4. 风险提示与建议

• 风险提示：未登记的土地转让存在以下风险：
  • 无法对抗善意第三人（如原转让方再次转让或抵押土地）；
  • 行政处罚风险（如责令补办登记、罚款或收回土地）；
  • 合同无效风险（如程序违法或土地性质不符）。
• 建议：
  1. 尽快补办土地使用权登记手续；
  2. 确认土地性质和规划用途，确保符合转让条件；
  3. 签订书面转让合同，明确双方权利义务；
  4. 咨询专业律师或土地管理部门，确保程序合法合规。

总结：村委会转让给村民建厂房的土地未登记二次转让的合法性需结合土地性质、转让程序等因素综合判断。建议尽快补办登记手续，并确保转让行为符合法律规定，以避免法律风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询。