对于严重超员构成犯罪的情况，是否可以不起诉，需根据具体情节和法律规定综合判断，存在不起诉的可能性，但需满足法定条件。以下从不同角度进行分析：
一、法定不起诉的情形
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条的规定，有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的：如果严重超员的行为虽然违反了交通管理法规，但情节显著轻微，社会危害性不大，根据法律规定不构成犯罪的，可以不起诉。
犯罪已过追诉时效期限的：如果严重超员构成犯罪的行为已经超过了法律规定的追诉时效期限，那么可以不再追诉，即不起诉。
经特赦令免除刑罚的：如果行为人因严重超员构成犯罪后，获得了国家的特赦令，免除了刑罚，那么也可以不起诉。
依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的：这一条款主要适用于某些特定的犯罪类型，如侮辱罪、诽谤罪等，严重超员构成犯罪一般不属于此类，因此此条款在此不适用。
犯罪嫌疑人、被告人死亡的：如果行为人因严重超员构成犯罪后死亡，那么根据法律规定，不再追究其刑事责任，即不起诉。
其他法律规定免予追究刑事责任的：如果存在其他法律规定免予追究刑事责任的情形，如行为人具有自首、立功等情节，且根据法律规定可以免予刑事处罚的，也可以不起诉。
二、酌定不起诉的情形
除了法定不起诉的情形外，还存在酌定不起诉的情况。酌定不起诉是指对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。在严重超员构成犯罪的案件中，如果行为人具有以下情节，可能构成酌定不起诉的条件：
犯罪情节轻微：虽然行为人的行为构成了犯罪，但情节相对较轻，如超员人数不多、未造成严重后果等。
具有悔罪表现：行为人能够认识到自己的错误，积极配合调查，如实供述自己的罪行，并表现出真诚的悔罪态度。
没有再犯罪的危险：根据行为人的表现和社会背景等因素，判断其没有再犯罪的危险性。
宣告缓刑对所居住社区没有重大不良影响：如果宣告缓刑对行为人所居住的社区没有重大不良影响，也可以考虑不起诉。
三、实务建议
积极配合调查：如果行为人因严重超员构成犯罪被立案侦查，应积极配合调查，如实供述自己的罪行，争取从轻处理。
寻求法律帮助：及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果，制定合适的辩护策略。
关注案件进展：密切关注案件的进展情况，及时了解检察机关的审查意见和决定，以便采取相应的应对措施。