在诉讼过程中发现被告公司已注销的，应当立即中止当前诉讼程序，并根据注销情况采取追加当事人或变更被告等措施，以保障诉讼的合法性和有效性。具体处理方式如下：

1. 核实注销情况：

   • 首先，需要核实被告公司的注销是否真实存在，包括注销的时间、原因、程序是否合法等。这通常可以通过查询工商登记信息、公司解散清算报告等文件来确认。

2. 分析注销对诉讼的影响：

   • 如果被告公司在诉讼开始前或诉讼过程中已经合法注销，那么其作为诉讼主体的资格已经消灭，原诉讼程序应当中止。
   • 此时，需要判断是否存在可以承担被告公司权利义务的继受主体，如股东、清算组等。

3. 追加或变更当事人：

   • 追加当事人：如果被告公司注销后，其权利义务由股东或其他主体继受，且该继受主体与案件处理结果有法律上的利害关系，那么可以依法申请追加该继受主体为当事人。
   • 变更被告：在特定情况下，如被告公司注销后，其清算组或股东未履行清算义务导致公司财产流失，损害债权人利益的，债权人也可以考虑将清算组成员或股东作为被告提起诉讼。但需注意，这种情况下需要满足一定的法律条件，如清算组成员或股东存在过错等。

4. 调整诉讼策略：

   • 根据注销情况和继受主体的不同，可能需要调整原有的诉讼策略。例如，如果继受主体是股东，且股东对公司债务承担连带责任，那么诉讼重点可能转向证明股东的过错或违法行为。

5. 注意诉讼时效：

   • 在处理被告公司注销的情况时，还需要注意诉讼时效的问题。如果因为追加或变更当事人等原因导致诉讼程序延长，应当确保在诉讼时效期间内完成相关程序，以免丧失胜诉权。

特殊情形处理：

• 若被告公司未经合法清算即注销，导致原告无法实现债权，原告可依据《公司法》及相关司法解释，以股东、清算义务人为被告提起诉讼，要求其对公司债务承担清偿责任。
• 若被告公司注销后存在遗留财产或未了结事务，原告可向法院申请指定清算组或管理人处理相关事宜，并主张相应权利。