当无法查清违法所得数额和非法经营数额时，知识产权刑事案件中的罚金数额确定是一个需要综合考虑多方面因素的过程。以下是对此问题的详细解答：

一、法律依据与原则

首先，根据《刑法》的相关规定，罚金的判定应基于犯罪行为的性质、危害后果、犯罪手段等具体情节。在知识产权犯罪中，这通常意味着法院会综合考虑犯罪的社会危害性、给权利人造成的损失、犯罪行为的持续时间以及犯罪人的认罪悔罪态度等因素。

由于知识产权犯罪中的罚金大多采用无限额罚金制，即法律未规定具体数额，因此司法机关在判决时拥有较大的自由裁量权。

二、罚金数额的具体确定方式

当违法所得和非法经营数额均无法查清时，法院会根据判处刑罚的轻重，在一个相对宽泛的范围内确定罚金数额。具体来说：

• 罚金可能在三万元以上一百万元以下确定，这一范围适用于判处较轻刑罚的情况。
• 在某些严重情况下，罚金可能在十五万元以上五百万元以下确定。

三、常见考量因素

在确定罚金数额时，法院会考虑以下因素：

• 给权利人造成的损失：这包括经济损失和商业信誉损失，是判定罚金数额的重要依据之一。
• 犯罪行为的持续时间：持续时间越长，通常意味着犯罪人的主观恶性和顽固性越大，罚金可能越高。
• 犯罪人的认罪悔罪态度：如果犯罪人积极认罪、赔偿损失、消除影响，可能会获得从轻处罚。

四、司法实践中的综合考量

在实际案件中，法院还会综合考虑被告人的主观恶性、犯罪手段、犯罪后果以及悔罪表现等因素，以确保罚金的公正合理。对于共同犯罪中的不同被告人，法院会根据其在犯罪中的地位、分工等具体情节适用不同的罚金计算标准。

五、建议与策略

对于面临此类问题的被告人或其代理人，以下是一些建议：

• 充分准备证据：尽管违法所得和非法经营数额可能无法查清，但其他相关证据（如销售记录、交易凭证等）对于证明犯罪情节和减轻处罚仍然具有重要意义。
• 强调社会危害性较小：如果可能的话，从社会危害性的角度为被告人争取从轻量刑。
• 积极认罪悔罪：表现出积极的认罪悔罪态度，争取法院的从轻处罚。

综上所述，当无法查清违法所得数额和非法经营数额时，知识产权刑事案件中的罚金数额确定是一个复杂且需综合考虑多方面因素的过程。法院会根据案件的具体情况、法律规定以及司法解释的指引来做出公正的判决。