加工厂可以与店面不在一起，法律上对此没有强制性限制，但需根据具体经营模式和行业特性注意以下问题：

1. 工商登记与经营场所合规性
   根据《市场主体登记管理条例》，企业登记的经营场所应当真实、合法、有效。若加工厂与店面分属不同地址，需分别办理营业执照或明确标注在营业执照的“经营场所”栏中（部分地区允许“一照多址”）。例如，食品加工企业需确保加工厂地址符合《食品安全法》中关于生产场所的卫生、布局要求，而店面需符合销售场所的规范。

2. 行业特殊许可要求
   部分行业对经营场所与生产场所的分离有明确规定：

   • 食品行业：若加工厂与店面分离，需分别取得《食品生产许可证》和《食品经营许可证》，且加工厂需满足生产加工的专项要求（如洁净车间、设备设施等）。
     
   • 危险化学品行业：根据《危险化学品安全管理条例》，生产、储存场所与经营场所必须保持安全距离，且需单独审批。
     
   • 医疗器械行业：生产场所与经营场所需符合《医疗器械生产质量管理规范》，若分离需分别备案或许可。

3. 税务与合同履行风险

   • 税务登记：加工厂与店面若分属不同税务管辖区，需分别办理税务登记，避免因地址不一致导致税务稽查风险。
     
   • 合同履行：若店面以自身名义签订销售合同，但实际由加工厂供货，需在合同中明确交货地点、质量责任等条款，避免因场所分离引发纠纷。例如，若店面承诺“现货供应”但实际需从加工厂调货，可能构成违约。

4. 劳动用工合规性
   若加工厂与店面分属不同用工主体（如独立法人或个体工商户），需分别签订劳动合同、缴纳社保。若为同一主体但场所分离，需在劳动合同中明确工作地点，并遵守《劳动合同法》中关于工作地点变更的通知义务。

建议：

• 提前向当地市场监管部门确认“一照多址”或分址登记的可行性；
  
• 根据行业特性梳理许可要求，避免因场所分离导致无证经营；
  
• 在合同、税务、用工等环节明确权责，降低法律风险。
  

如有具体行业或场景需求，可进一步向我说明，我会结合实务经验为您细化分析。