结论：没有烟草证卖烟属于违法行为，卖烟公司发现后没收香烟只是初步处理措施，后续还可能面临行政处罚甚至刑事处罚，不过可以通过积极配合调查、及时补办证件等方式来降低不利影响。以下是详细分析：

法律定性

根据《中华人民共和国烟草专卖法》及其实施条例，经营烟草制品零售业务必须取得烟草专卖零售许可证。未取得该许可证而擅自销售香烟的行为，属于无证经营烟草制品零售业务，是明确的违法行为。

卖烟公司没收香烟的合法性

卖烟公司本身并没有执法权，但如果它是受烟草专卖行政主管部门的委托，在特定情况下协助执法部门进行市场检查等工作，那么在执法人员在场并依法定程序进行的情况下，对无证销售的香烟进行先行登记保存（类似于“没收”的初步处理，但严格来说不是最终意义上的没收）是合法的。这是为了防止证据灭失，后续烟草专卖行政主管部门会进一步调查处理。

后续可能面临的处罚

1. 行政处罚：烟草专卖行政主管部门会依据相关法律法规对无证经营者进行处罚。一般会责令停止经营烟草制品零售业务，没收违法所得，同时处以违法经营总额20%以上50%以下的罚款。例如，如果违法经营总额为1万元，那么罚款可能在2000元至5000元之间。
2. 刑事处罚（情节严重的情况）：如果无证经营烟草制品零售业务情节严重，构成非法经营罪的，还将面临刑事处罚。根据《中华人民共和国刑法》第二百二十五条，违反国家规定，有下列非法经营行为之一，扰乱市场秩序，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产。其中就包括未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或者其他限制买卖的物品的情况。

应对措施

1. 积极配合调查：当卖烟公司（实际是协助执法部门）发现无证卖烟情况并采取初步措施后，无证经营者要积极配合烟草专卖行政主管部门的调查，如实说明情况，提供相关证据和资料。
2. 及时补办证件：如果符合办理烟草专卖零售许可证的条件，应尽快向当地烟草专卖行政主管部门申请办理该证件。办理条件一般包括有与经营烟草制品零售业务相适应的资金；有固定的经营场所；符合当地烟草制品零售点合理布局的要求等。
3. 协商解决（如果可能）：如果卖烟公司并非协助执法部门，而是自行采取没收行为，这属于侵权行为。无证经营者可以与卖烟公司协商，要求其返还香烟或者赔偿损失。如果协商不成，可以通过法律途径解决，如向法院提起民事诉讼。